遇到問題

在讀取GEO數(shù)據(jù)庫的CEL文件時，出現(xiàn)了報錯，無法找到包pd.hursta.2a520709，命令如下：

rm(list=ls());gc();

setwd("C:/22SHB021F/")

library(GEOquery)

library(affyPLM)

library(affy)

library(oligo)

gse="GSE72094_RAW"

baseDir <- "C:/22SHB021F/"

workDir <- file.path(baseDir, gse)

celfiles <- list.files(workDir, "\\.CEL$")? # 匹配以.CEL 結(jié)尾的文件。

data.raw <- read.celfiles(filenames = file.path(workDir, celfiles))

因為之前別的數(shù)據(jù)集是正常讀取的，而按照通常的解決思路的話，直接把這個包安裝上即可。沒怎么想就用BiocManager試了下

BiocManager::install("pd.hursta.2a520709")

結(jié)果BiocManager并不存在這個包。

后經(jīng)搜索引擎查找發(fā)現(xiàn)需要自己創(chuàng)建這個包，這類包是CDF包，開始操作

構(gòu)建CDF包

查找GSE72094_series_matrix.txt文件發(fā)現(xiàn)測序芯片為GPL15048

進入GEO數(shù)據(jù)庫，

下載CDF文件

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL15048

下載第一個

使用makecdfenv包創(chuàng)建CDF包pd.hursta.2a520709，代碼如下

BiocManager::install('makecdfenv')

library(makecdfenv)



make.cdf.package("GPL15048_HuRSTA_2a520709.CDF.gz", "pd.hursta.2a520709",

? ? ? ? ? ? ? ? species = "Homo sapiens", compress = TRUE)


install.packages("pd.hursta.2a520709", repos = ?NULL, type="source")

再次讀取GEO數(shù)據(jù)庫的CEL文件，就可以正常運行了。

兜兜轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)終于把問題解決了，希望小云能幫大家少走彎路。

特別說明：本代碼經(jīng)申請軟件著作權(quán)，僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán)，不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

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寫在文末：

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