上期給一位好學的網(wǎng)友介紹了基因&通路關聯(lián)網(wǎng)絡圖之后，我們乘勝追擊，繼續(xù)給大家介紹富集分析的新樣式。

一、介紹

來欣賞一下這個圖：

這貨乍一看是不是有點像二維碼？但它可掃不了，因為它是一個半吊子（bushi）。

其實，它也是一種熱圖，是不是覺得不可思議？我們通常見到的熱圖都是密集排列的，哪會出現(xiàn)這么大的空隙呢？確實，同為熱圖，但它似乎卻沒那么“熱”，因為它展示的只是基因和通路的關系，而通路中包含的基因不盡相同，比如這個基因在某條通路中存在，但是在另一條通路中卻未必存在，所以排列的結果就變成了稀疏和零散的樣子。此“熱圖”非彼“熱圖”。

那這種甚至有點“冷”的熱圖有何用途呢？

有時候，如果我們希望顯示大量重要的通路，那么基因&通路關聯(lián)網(wǎng)絡圖可能會變得過于繁雜且不美觀，而熱圖可以簡化結果，更容易識別表達模式，更直觀地展示所選基因和通路之間的關系以及基因的表達倍數(shù)變化。

介紹到這里，我們再來簡單聊聊怎么去實現(xiàn)。

是它，就是它：enrichplot！

沒想到吧？還是這個R包，就是這么強大！它內置了各式各樣的函數(shù)，簡直快要把生信天下的圖一網(wǎng)打盡。上述的熱圖就涉及到其中的一個函數(shù)：heatplot。

好家伙！敢情熱圖的“熱”是“heat”翻譯而來的？

當然了，三要素（通路、基因和差異表達倍數(shù)）肯定少不了，把這三要素變成二進制的矩陣關系即可出圖。至于美化的功能，你想要的，它都有。

二、圖解

縱坐標：表示功能富集通路；

橫坐標：表示通路中的基因；

漸變顏色柱：通路中存在的基因則會顯示顏色柱，漸變顏色表示基因的表達倍數(shù)變化。

三、應用

顯然，根據(jù)富集分析熱圖的內涵，轉錄組、蛋白質組和代謝組等研究數(shù)據(jù)的應用自然不在話下。

好啦！今天的介紹就到這里，感興趣的朋友們可以去試試。