Autodock vina results Analysis 對接結(jié)果分析

菜鳥博士Caesar

對接結(jié)果分析：

results Analysis

1.載入對接結(jié)果

Analyze-Docking-Open AutDock vina result...載入對接結(jié)果（result.qbtqt），為方便觀察，在彈出的對話框中選擇載入模型的方式為“Single molecule with multiple conformations”，點擊“確認”，可以看到窗口中能量最低的配體構(gòu)象，通過鍵盤向右鍵，可以依次觀察不同的對接結(jié)果(different conforms and energy)；

2.載入受體

Analyze-Macromolecule-Open...載入受體

3.分析相互作用

Analyze-Docking-Show Interactions，可以看出受體的Lys16與配體形成了1個氫鍵，分別勾選“display pi-pi interactions”和“display pi-cation interactions”，可以顯示是否形成pi-pi相互作用和pi-C相互作用；

4.保存配體

右鍵刪除受體蛋白，F(xiàn)ile-save Molecule-Write PDB，將符合要求的配體構(gòu)象保存為PDB格式，用于Pymol作圖；

5.合并受體和配體分子

打開Pymol，F(xiàn)ile-Open依次載入受體、配體分子，點擊Receptor-Action-remove waters去除受體中的水分子，

File-Save Molecule…，同時選擇受體和配體，保存為complex.pdb；

6.顯示氫鍵

File-Open載入剛剛的復(fù)合物complex.pdb，點擊Ligand-Action-Find-polar contacts-to other atom in object，

顯示出如圖的氫鍵作用，通過Show-labels，可顯示出如圖所示的氫鍵鍵長；

7.編輯氫鍵參數(shù)

在Externa GUI窗口的菜單欄中選擇Setting-Edit All，可編輯各項參數(shù)值：

h_bond參數(shù)項，可更改氫鍵判斷條件；

dash參數(shù)項，更改虛線的粗細、長度、顏色和間隔；

問題：show interaction可能報錯memory error，大家可以一起討論下

補充：計算RMSD pymol代碼：align 2ORh_7O9Wout_model1,2ORh_7O9Wout1

（部分圖片內(nèi)容源于網(wǎng)絡(luò)）