十級(jí)工人3606號(hào)受命前往C-3實(shí)驗(yàn)區(qū)報(bào)到，但是在檢查站被勒索陷害而身陷囹圄。首席科學(xué)家馬特·切尼（Matte Cheney）救出3606并將其帶到實(shí)驗(yàn)室。

9：41，實(shí)驗(yàn)出現(xiàn)意外，3606誤入了異世界后返回。C區(qū)完全被摧毀，馬特讓3606自行尋找出路。然而隨后馬特向基地安全部門報(bào)告是3606破壞了實(shí)驗(yàn)并導(dǎo)致了災(zāi)害發(fā)生。

3606穿過(guò)廢墟，與基地各處突然出現(xiàn)的怪物群作戰(zhàn)，抵達(dá)C區(qū)下方的儲(chǔ)藏區(qū)域后，發(fā)現(xiàn)自己被安全部通緝了。