現(xiàn)在還能做自噬相關(guān)的生信分析思路嗎？如果能怎么做？?一分鐘教你如何讓“自噬”這個經(jīng)典的生信方向老樹開新花，還能舉一反三！

要說自噬這個獲得過諾貝爾獎的熱點(diǎn)，它的火爆程度大家都是有目共睹的，包括文章的發(fā)表數(shù)量和國自然中標(biāo)數(shù)量都是一路高歌。但隨著研究的越來越多，一部分人就會覺得自噬雖然經(jīng)典又熱門，但這個熱點(diǎn)已經(jīng)不新了，尤其是要做生信的話沒什么好的思路呀…這種觀點(diǎn)小云并不十分認(rèn)同，以小云寥寥幾年的生信經(jīng)驗(yàn)來看，任何方向都可以從分析思路和分析方法上進(jìn)行創(chuàng)新，讓你的生信思路給人眼前一亮的趕腳！如果不信，你可以選個方向來找小云battle一下~

小云之前說過：創(chuàng)新性才是生信分析的關(guān)鍵，而用生信解決臨床問題才是buff加持！今天小云就用一篇8分+文章，教你如何借臨床表型“放療敏感性”的東風(fēng)玩轉(zhuǎn)自噬的生信分析思路。文章的亮點(diǎn)就是篩選了放療相關(guān)自噬基因！

我們先看看文章的亮點(diǎn)，再聊聊如何舉一反三！

先簡單透露一下：“放療”相關(guān)自噬基因=“臨床表型”相關(guān)“熱點(diǎn)”基因，臨床表型可以換，熱點(diǎn)方向也可以換，自由組合就可以產(chǎn)生多篇生信思路！（文末總結(jié)才是精華，不要錯過呦?。?/span>

發(fā)表時間：2022年10月

發(fā)表雜志：Frontiers in pharmacology

影響因子：IF=8.786

文章題目：放療相關(guān)自噬基因在肺腺癌預(yù)后和免疫浸潤中的作用

數(shù)據(jù)來源

研究思路

采用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)識別與放療相關(guān)的模塊基因；同時篩選出不同放療反應(yīng)組間差異表達(dá)基因(DEGs)；從自噬數(shù)據(jù)庫下載自噬基因(ATGs)；將上述三者取交集，獲得差異表達(dá)的放射治療相關(guān)自噬基因(DERRAGs)。然后通過Cox分析選擇預(yù)后相關(guān)自噬基因，建立風(fēng)險模型和諾姆圖。構(gòu)建風(fēng)險評分，針對不同風(fēng)險組進(jìn)行免疫微環(huán)境和功能富集分析。并通過細(xì)胞實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證關(guān)鍵基因的表達(dá)。

主要研究結(jié)果

那么作者是如何篩選到放療相關(guān)自噬基因的呢？

1.?鑒定LUAD放射治療相關(guān)的關(guān)鍵基因

利用WGCNA確定了11個模塊，其中brown4模塊與放療最相關(guān)。因此，將brow4模塊中的1900個基因被用于下游分析。

2.?鑒定LUAD中放射治療相關(guān)自噬基因(DERRAGs)

根據(jù)臨床資料將TCGA-LUAD患者分為放射敏感(RS)組和放射抵抗(RR)組。RS組和RR組之間共鑒定出1121個DEGs。將1121個DEGs、1900個放療相關(guān)brow4模塊基因和1183個自噬基因（ATGs）取交集后，得到11個放療相關(guān)自噬基因(DERRAGs)。

3.?建立自噬相關(guān)風(fēng)險評分模型

分析DERRAGs的預(yù)后價值。單因素和多因素Cox回歸分析選取3個關(guān)鍵基因SHC1、NAPSA、AURKA建立自噬相關(guān)風(fēng)險模型。計算風(fēng)險評分，將患者分為高、低風(fēng)險組。兩個風(fēng)險組之間的生存率有顯著差異。

接下來就是針對這兩個風(fēng)險組進(jìn)行的分析和驗(yàn)證：

總結(jié)

這篇文章最大的亮點(diǎn)就是：通過將患者分為放療抵抗組和放療敏感組，并利用WGCNA和數(shù)據(jù)庫中的自噬基因篩選到了放療相關(guān)自噬基因，后面的分析都是常規(guī)的分析思路！

那么我們可以參考這篇文章進(jìn)行舉一反三！

放療相關(guān)自噬基因，其中“放療”可以換成“化療”、“免疫治療”、“轉(zhuǎn)移”、“惡性程度”等等臨床表型，“自噬”可以換成“鐵死亡”、“線粒體”、“內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激”、“衰老”、“某種免疫細(xì)胞”等等基因集，篩選得到“臨床表型”相關(guān)“熱點(diǎn)”基因，再進(jìn)行分析，任意組合到一起就是一篇思路新穎的生信文章。

最重要的是，通過這一系列分析之后，不僅獲得了一篇生信分析的文章，還可以根據(jù)篩選出來的關(guān)鍵基因，繼續(xù)設(shè)計后續(xù)的實(shí)驗(yàn)思路，比如這篇文章后續(xù)可以研究“XX關(guān)鍵基因通過調(diào)控自噬影響腫瘤放療敏感性的作用機(jī)制”。

如此舉一反三，是不是一舉多得？看完小云的分析后，心動的小伙伴快來咨詢吧！