在某個城市中存在著不為人知的被稱為Amazon的吞噬人類的異形的存在。它們的數(shù)量，竟達到4000只。制造出這個怪物的元兇正是野座間制藥公司。命令名下的野座間佩斯頓服務(wù)驅(qū)除班秘密處理Amazons。

就是在這種情況下，在清潔干凈的房屋中一步也不出去地平穩(wěn)生活著的青年水澤悠·假面騎士Amazon Omega和只靠野生的直覺和戰(zhàn)斗力的像野獸一樣的活著的男人鷹山仁·假面騎士AmazonAlpha相識，慢慢懂得了在Amazonz的激烈的生存斗爭中生存下去的故事。

自那之后已經(jīng)過去了5年。Amazon幾乎被驅(qū)除，世界趨于和平。但是被Amazon細胞感染的普通人Amazon化的現(xiàn)象在持續(xù)發(fā)生擴大，為此政府組成了新組織4C，秘密驅(qū)除Amazon化的人類。

其中，幼年時期被Amazon養(yǎng)大的少年·千翼變身假面騎士Amazon Neo與Amazon戰(zhàn)斗。但在被生來的吃人沖動所驅(qū)使的他的面前出現(xiàn)的是，變身為烏鴉Amazon并作為生物兵器戰(zhàn)斗的少女·惟由。對于這樣的惟由，他第一次沒有產(chǎn)生“想吃”的想法，并被她吸引著。而惟由的真面目是被Amazon化的父親殺死后，作為Sigma型而復(fù)活的Amazon。