元代行政區(qū)劃對后世最大的影響是將原本為行政機(jī)關(guān)名稱的省，變?yōu)榱藚^(qū)劃的名稱，變成了地理名詞。
從隋唐開始三省六部制度以來，直到元代，省都是中央的行政機(jī)關(guān)。元代開始在地方設(shè)置省——行省，全稱某某等處行中書省。所謂行省，顧名思義就是流動的省。行省是中央政府——中書省的派出機(jī)關(guān)，代表中央政府行使地方政務(wù)。行省的流動性使得行省具有臨時(shí)性的特征。元代終其一代都沒有對行省做變動，使得行省在很大程度上體現(xiàn)出了元代統(tǒng)治者的軍事占領(lǐng)色彩。元代，中書省也是帶有地理概念的，包含了首都周圍的大片地方。這些地方又被稱為都省和腹里。

元代的行省制度也不是蒙古人的原創(chuàng)，而是學(xué)習(xí)金人的做法。金朝后期，因?yàn)閼?zhàn)事連綿，很多時(shí)候需要中央出面協(xié)調(diào)軍事，所以在地方上設(shè)置了中央中書省的派出機(jī)關(guān)——行省。元代不過是將這樣的制度推行到全國。

元代至元年間，行省劃分為：中書省、嶺北行省、遼陽行省、河南江北行省，陜西行省，甘肅行省，云南行省，江浙行省，江西行省，湖廣行省。這些省名很多都延續(xù)到了現(xiàn)在。

元代行政區(qū)劃對后世第二個(gè)重大的影響是，在區(qū)劃的劃分上，不完全按照山川形勢，而是人為地制造了很多的犬牙交錯(cuò)。它的立足點(diǎn)就是消除因?yàn)榈乩淼姆忾]性而造成地方的分離。大大降低了地方分離的風(fēng)險(xiǎn)?，F(xiàn)在有人一味地抨擊這個(gè)舉措，認(rèn)為其很不合理，認(rèn)為造成了障礙，是專制制度的體現(xiàn)。但是一項(xiàng)制度的出臺，必然有其存在的歷史因素，不能以現(xiàn)代的觀點(diǎn)簡單看待。一種新制度的出現(xiàn)，多是因?yàn)橐m正舊制度上的缺陷。
元代的行政層級是很多的，可以說是古來最多的：行省——路——府——州——縣。不過，元代，完整地實(shí)行省——路——府——州——縣的地方并不是太多，很多時(shí)候，州縣已經(jīng)差異很小了。元代的行省機(jī)關(guān)，乃至于縣一級的機(jī)關(guān)，最高長官是達(dá)魯花赤，只能是蒙古人，他主要是管理官員，并不親自理事。其下是行省平章政事和參知政事，這才是親民的官。這也是古今以來獨(dú)一無二的。
元代在行省之下，府和州有時(shí)會直接跳過路，直屬于行??；直屬于行省的州府稱為直隸州、直隸府，屬于路的則稱之為散州、散府。