到 20 世紀 90 年代中期，當人類基因組計劃如火如荼地進行時，科學家們開始使用毛細管測序儀對 DNA 進行測序。

1990年代

在毛細管測序儀中，DNA 片段通過細長的丙烯酸纖維毛細管（而不是電泳凝膠，如 Sanger 方法）按大小分離。

1. 將含有 DNA 片段的樣品注入毛細管中。 這是通過將毛細管和電極浸入樣品溶液并短暫施加電流來完成的。 這會導致 DNA 片段遷移到毛細管的末端。

2. 注入樣品后，重新施加電場，以驅動 DNA 片段通過毛細管。

3. 內置于機器中的熒光檢測激光器隨后射過毛細管纖維，導致 DNA 片段上的彩色標簽發(fā)出熒光。 每個堿基終止符都標有不同的顏色：A = 綠色、C = 藍色、G = 黃色和 T = 紅色。

4. 熒光堿基的顏色由相機檢測，并由測序儀記錄。

5. 堿基的顏色隨后在計算機上顯示為不同顏色峰的圖形。 如下圖：

毛細管的小直徑允許使用極高的電場，因此可以非?？焖俚胤蛛x DNA 測序片段。