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? ? ? ?最近在整理大家留言時，小薇發(fā)現(xiàn)，偶爾會有小伙伴在做國自然和SCI實(shí)驗(yàn)設(shè)計時，會因?yàn)椴淮_定某個基因和某個通路的關(guān)系而無從下手。

今天小薇就給大家提供一個可以快速查詢基因和通路關(guān)系的方法，可以一定程度上節(jié)省大家的試錯成本，有需求的小伙伴們快看過來哦~

#01

首先我們先打開GeneCards(www.genecards.org/)并檢索目標(biāo)基因，以FOXP2為例，在檢索結(jié)果中選擇pathways進(jìn)行快速定位后可以查看與該基因有關(guān)的

通路。

#02

如果想要研究的目標(biāo)通路不在列表中，我們還可以進(jìn)一步探究候選基因和目標(biāo)通路內(nèi)的基因之間的關(guān)系。為了節(jié)省時間，我們可以從GeneCards首頁中快速跳轉(zhuǎn)至PathCards，對目標(biāo)通路進(jìn)行檢索（以MAPK信號通路為例），并獲取參與目標(biāo)通路的所有基因列表。

#03

接下來我們打開STRING數(shù)據(jù)庫（https://string-db.org/），將FOXP2和上面的基因列表輸入，分析完成后下載結(jié)果文件，在Excel中篩選與FOXP2互作的蛋白。

#04

如果還想探究候選基因和目標(biāo)通路中的基因在某個腫瘤中的共表達(dá)關(guān)系，我們可以借助cBioPortal數(shù)據(jù)庫（www.cbioportal.org/）。選擇想要分析的疾病隊列（以乳腺癌的TCGA

隊列為例），并輸入候選基因后，點(diǎn)擊Co-expression模塊獲取基因的共表達(dá)關(guān)系。在結(jié)果列表中，我們可以選擇下載數(shù)據(jù)，并在Excel表格中篩選目標(biāo)通路中的基因共表達(dá)關(guān)系，并根據(jù)需求設(shè)定相關(guān)系數(shù)的閾值。

在本示例中，我們以p<0.05和r>0.5為閾值，在乳腺癌中篩選到與FOXP2共表達(dá)的MAPK通路基因共8個。

看到這里大家是不是覺得了解基因和通路的關(guān)系也并不復(fù)雜，除了檢索文獻(xiàn)外，花幾分鐘在數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行查詢，也可以獲得不少有價值的數(shù)據(jù)。

小伙伴們還不快學(xué)起來，有實(shí)驗(yàn)設(shè)計需求時會更得心應(yīng)手~小薇也歡迎大家多多留言和私信有關(guān)生物、醫(yī)學(xué)科研的任何疑惑，我們會及時為大家答疑，并且匯總一些共性的問題進(jìn)行分享哦！