研究多肽結構的主要目的是解釋其氨基酸組成和序列是否正確，如果多肽分子中含有胱氨酸，則應澄清其狀態(tài)(氧化態(tài)或還原態(tài))，并確定含有多種半胱氨酸的多肽的正確的二硫鍵連接位點。對于某些長肽，可能還需要利用核磁共振(NMR)、圓二色譜等方法來研究它們的空間結構(如二級和三級結構)。

對于短肽，元素分析、紅外光譜、核磁共振波譜、氨基酸組成分析、質譜等常用方法有時足以解釋它們的結構特征。如果從上述測試中獲得的信息難以合理分析和分配，則應進行氨基酸測序。

中、長肽應進行氨基酸組成和氨基酸序列分析。氨基酸序列的一般方法是Edman降解，這是測定N-末端氨基酸的化學方法。基于快速原子轟擊、電噴霧、場分析和激光分析質譜等多種技術的質譜技術可以提供多肽的分子量和序列信息，是對Edman降解的良好補充。

對于含有20多個氨基酸殘基的肽，如果不能直接確定其序列，則可根據(jù)肽的分子量和氨基酸組成的特點，利用特定的蛋白水解酶將其分解成小片段，然后對每個小片段的序列進行分析。

當肽含有非天然氨基酸和氨基酸衍生物時，應在結構研究中加以證實。此時，應在相應的研究中研究這些非天然氨基酸和氨基酸衍生物的色譜行為