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原創(chuàng) 小果 生信果

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生信人R語言學習必備

立刻擁有一個Rstudio賬號

開啟升級模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個人存儲1T）

• 今天小果想要學習用EDTA（Extensive de-novo TE Annotator）進行重復序列注釋，在注釋之前需要先安裝，小果是利用miniconda進行安裝的，經(jīng)過一番努力后終于安裝成功了！讓我們看看安裝步驟如何吧：

下載miniconda安裝包

官網(wǎng)：Miniconda — conda documentation

北外鏡像：Index of /anaconda/miniconda/ | 北京外國語大學開源軟件鏡像站 | BFSU Open Source Mirror

注意要選擇適合自己的版本哦。

wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh

wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下載完安裝文件就可以開始安裝了！

在文件的下載目錄下直接輸入：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

在這一過程中會出現(xiàn)閱讀license的請求，一直按enter繼續(xù)或者q退出都可，最后同意條款，輸入yes繼續(xù)

接著會出現(xiàn)選擇安裝目錄，可以按enter默認安裝路徑，或者ctrl-c結(jié)束安裝，或者直接輸入新的安裝路徑改變安裝位置。

繼續(xù)yes

結(jié)束后測試一下安裝，輸入conda list

呀，小果發(fā)現(xiàn)conda命令無法被找到

不要慌，可能是因為conda環(huán)境路徑?jīng)]有被正確地添加到系統(tǒng)的環(huán)境變量中，可以輸入以下命令來添加環(huán)境變量：

export PATH=＂/home/hui/miniconda3/bin:$PATH＂

其中/home/hui/miniconda3/bin是我們的miniconda安裝路徑，小可愛自行修改哦。

輸入echo $PATH打印出當前的PATH環(huán)境變量值，檢查是否成功將路徑添加到環(huán)境變量中，可以看到其中已經(jīng)包含了miniconda的安裝路徑

　再次輸入conda list，成功~

接下來我們安裝一下conda的channel方便安裝各種其它實用的生信軟件。

這里安裝了兩個channel.

官方：

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

鏡像：conda config --add channels

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --set show_channel_urls yes

通過conda config --show channels查看當前已添加的conda channels列表，如圖成功安裝，其中defaults為官方自帶的channel.

或者（鏡像）

好啦，接下來我們就可以安裝EDTA了！關(guān)注小果，更多生信干貨下期見~

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