(MOMAP使用手冊可在官網(wǎng)下載：http://www.momap.net.cn/index.php/documentation/?)

A. Gaussian Calculations

1. Optimization calculation on ground state (S0)

   以手冊中的算例azulene分子為例用gaussian09進(jìn)行基態(tài)優(yōu)化，輸入文件如下：

（本例采用本機(jī)計(jì)算，所以使用?g09 azulene-s0.gjf?命令提交計(jì)算任務(wù)）

2.?Optimization calculation on lowest singlet excited state (S1)

? ? ?使用S0優(yōu)化得到的結(jié)構(gòu)進(jìn)行S1激發(fā)態(tài)優(yōu)化，輸入文件如下：

3.?Calculate non-adiabatic coupling matrix element (NACME)

? ? ?以S1優(yōu)化得到的結(jié)構(gòu)計(jì)算非絕熱耦合矩陣元，輸入文件如下：

(使用formchk命令將上述所有.chk文件轉(zhuǎn)換為.fchk文件)

B.?Vibration Analysis (MOMAP)

1. 使用mkdir evc命令新建evc文件夾，將上述計(jì)算的log和fchk文件拷貝至evc文件中（azulene-s0.log、azulene-s0.fchk、azulene-s1.log、azulene-s1.fchk）

2. 使用vi momap.inp命令新建MOMAP的控制文件，編輯內(nèi)容如下：

輸入完成按esc退出編輯并用:wq命令保存并退出；

3.?使用vi run命令新建MOMAP的運(yùn)行腳本文件，編輯內(nèi)容如下：

輸入完成按esc退出編輯并用:wq命令保存并退出；然后賦予run文件可執(zhí)行權(quán)限

4. 輸入./run命令運(yùn)行run腳本，計(jì)算完成后的界面如下：

計(jì)算完成會生成如下文件：

C.?Adiabatic Excitation Energy

查看絕熱激發(fā)能，見手冊

Egs = -385.838172128 a.u.；Ees = -385.76308025 a.u.；

Ead? =? Ees?-?Egs? = 0.075092 a.u.

D.?Electronic Transition Dipole

見手冊

EDMA=0.92694 Debye；EDME=?0.64751 Debye

E.?Fluorescence Spectrum Calculation (MOMAP)

1.?Nonradiative rate kic

1.1 創(chuàng)建kic文件夾，并在該文件夾中創(chuàng)建kic和evc兩個(gè)文件夾；

1.2 將前面計(jì)算得到的azulene-s0.log、azulene-s0.fchk、azulene-s1.log、azulene-s1.fchk以及azulene-nacme.log文件

1.3?使用vi momap.inp命令新建MOMAP的控制文件，編輯內(nèi)容如下：

如上，使用vi?run命令新建MOMAP的運(yùn)行腳本文件；然后賦予run文件可執(zhí)行權(quán)限

1.4?輸入./run命令運(yùn)行run腳本，計(jì)算完成后的界面和生成的文件如下：

1.5 使用cat evc.cart.dat evc.dint.dat | grep "Total reorganization energy"命令查看重組能；如果能量差很小(<1000 cm-1)，使用evc.cart.dat文件的結(jié)果進(jìn)行下一步計(jì)算；如果能量差較大，則使用evc.dint.dat文件的結(jié)果進(jìn)行下一步計(jì)算

1.6 將計(jì)算得到的evc.cart.dat和evc.cart.nac文件復(fù)制到kic文件夾中，并在kic文件夾中創(chuàng)建momap.inp文件，如下：

1.7?如上，使用vi?run命令新建MOMAP的運(yùn)行腳本文件；然后使用chmod a+rx run命令賦予run文件可執(zhí)行權(quán)限；輸入./run命令運(yùn)行run腳本，計(jì)算完成后的界面和生成的文件如下：

內(nèi)轉(zhuǎn)換 (IC) 速率常數(shù)可以在 ic.tvcf.log 文件的末尾找到。 IC速率常數(shù)和能隙的關(guān)系可以從ic.tvcf.fo.dat文件中得到。

1.8?然后使用以下命令生成相關(guān)函數(shù)圖以檢查收斂性：

? ? ?gnuplot *.gnu

? ? ?ps2png *.eps

? ? ?display *.png

1.9 打開ic.tvcf.log 文件，在末尾可以找到ic速率為2.05071785×10?s-1

2. Radiative rate?kr

2.1 新建kr文件夾，將evc步驟計(jì)算得到的evc.cart.dat文件拷貝至此文件夾中，新建momap.inp和run文件（momap.inp內(nèi)容如下），賦予run文件可執(zhí)行權(quán)限

2.2 運(yùn)行run文件，界面如下

2.3 輻射躍遷速率可在spec.tvcf.log文件末尾查看，熒光光譜信息可在spec.tvcf.spec.dat文件中獲得

3.?Sum-over-states Approach

見手冊

4.?Verify Convergence of Correlation Function

見手冊