由于感染數(shù)碼獸的出現(xiàn)，恒常性聯(lián)系了二代，但是無(wú)法全部進(jìn)化成究極體的二代被無(wú)立場(chǎng)得數(shù)碼獸訓(xùn)練師阿爾法獸打敗了，警告他們不要莽撞。恒常性見此情況，不得不啟用一代，而世界樹已將感染數(shù)碼獸的病毒通過(guò)神圣計(jì)劃蔓延到了孩子們身上。引起孩子們的負(fù)面情緒，在一次一次的契機(jī)下，阿和的友情喚醒了太一的勇氣，打退訓(xùn)練師阿爾法獸。

世界樹為了侵入人類世界感染了時(shí)空管理者緬因貓獸和她的搭檔望月芽心，并改造了望月芽心的神圣計(jì)劃，一次一次的絕望中，恒常性坐不住了，它最后的決定引起了孩子們的不滿，一場(chǎng)孩子們的抉擇之戰(zhàn)開啟了。就像石田大和說(shuō)的一樣，侵犯人類世界的世界樹與維持自己地位的恒常性都不能拯救世界，孩子們決定自己去選擇未來(lái)。黑玄內(nèi)把二代孩子抓了起來(lái)作為要挾，墜入懸崖八神太一被西島大吾所救，孩子們?cè)谝黄穑米约旱牧α烤瘸隽司捯蜇埆F和迪路獸。世界樹出現(xiàn)，讓世界的時(shí)間靜止，如果倒計(jì)時(shí)之內(nèi)沒(méi)有打敗世界樹，世界將陷入沉寂。

而與此同時(shí)，本不該出現(xiàn)的四圣獸中的白虎獸找到了西島大吾，并修復(fù)了光暗臺(tái)，緬因貓獸正確進(jìn)化成拉結(jié)爾獸與因?yàn)橄蛲磥?lái)的奧米加獸慈悲形態(tài)合力打敗了世界樹。世界恢復(fù)后，食夢(mèng)獸也恢復(fù)了記憶，和姬川真希相認(rèn)。姬川被警方逮捕。