下載安裝

10X官網(wǎng)可以有很詳細(xì)的下載和安裝順序。需要注意幾點(diǎn)?

• 需要下載參考序列和cellranger軟件。建議分別下載在不同的文件夾，software、reference

• 版本問題? 10X更新較快，同一批數(shù)據(jù)建議使用相同的版本運(yùn)行。

• 添加環(huán)境變量，以便在全局使用

運(yùn)行

一般拿到數(shù)據(jù)都是fastq了。思路是：

建立rawdata文件夾，

上傳數(shù)據(jù)，檢查md5，

創(chuàng)建新的project，

在project中創(chuàng)建數(shù)據(jù)的軟連接，

對(duì)fastq文件改名，以符合cellragner的運(yùn)行格式，

寫一個(gè)bash文件，方便不同數(shù)據(jù)的運(yùn)行，

輸出log文件，方便后期查看運(yùn)行情況，

transcriptome=/home/wangjs/reference/10X/rna/refdata-gex-GRCh38-2020-A

fastqs=/home/wangjs/data/cellranger_out/zhangyi/pd1/data

#cellranger count --id hdq_pbmc_befpd1 --transcriptome $transcriptome --fastqs $fastqs --sample ZY201014 --chemistry SC3Pv3 --localmem 100 --localcores 30

fastqs為軟鏈接文件夾，transcriptome為參考序列，--id為樣本名，這個(gè)在樣本信息表格中保存好，方便后期查對(duì)，所有輸出文件都在這個(gè)文件中。--chemistry SC3Pv3 可以不用，cellrargner會(huì)截取數(shù)據(jù)自行判斷。內(nèi)存和線程根據(jù)自己服務(wù)器的情況來進(jìn)行定義。