代謝組學(xué)原始數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換-proteowizard
代謝組學(xué)原始數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換-proteowizard
代謝組的機(jī)器下機(jī)的質(zhì)譜數(shù)據(jù)通常是無法直接給下游的開源分析工具使用的（比如XCMS），因此如果需要自己使用開源工具分析數(shù)據(jù)，那么首先需要將格式轉(zhuǎn)為開放格式（open format）。
常見的的格式有如下幾種：
mzML，推薦格式， 使用zlib壓縮，轉(zhuǎn)換后的文件會更小。且仍在更新
mzXML ：older file formats.
netCDF ：older file formats.
proteowizard可以將多種商業(yè)格式轉(zhuǎn)換為開放格式：
proteowizard官網(wǎng)：http://proteowizard.sourceforge.net/
proteowizard的GitHub地址：https://github.com/ProteoWizard/pwiz
目前支持的proteowizard商業(yè)格式如下：
proteowizard支持被轉(zhuǎn)換的格式如下：
–mzML : write mzML format [default]
–mzXML : write mzXML format
–mz5 : write mz5 format
–mgf : write Mascot generic format
–text : write ProteoWizard internal text format
proteowizard的使用
proteowizard有Windows、mac和linux版本。
但是對于直接安裝的linux版本，沒有格式轉(zhuǎn)換的功能。需要轉(zhuǎn)換供應(yīng)商的（vendor）格式的話，可以使用其安裝了window版本（通過wine來執(zhí)行）的docker鏡像。
鏡像拉取
這個(gè)鏡像除了進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換的msconvert之外，還有skyline軟件。skyline是一個(gè)是由美國華盛頓大學(xué)MacCoss實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的windows版本的免費(fèi)工具，主要用于質(zhì)譜的數(shù)據(jù)分析。這里我們只需要使用msconvert。如果有興趣可以自行到其官網(wǎng)進(jìn)行了解。
Skyline：https://skyline.ms/project/home/software/Skyline/begin.view
軟件代碼：http://sourceforge.net/p/proteowizard/code/HEAD/tree/branches/，是C#寫的。
docker版本的msconvert的使用
查看msconvert 的幫助文檔:
docker的更詳細(xì)使用文檔在這里：https://docs.docker.com/engine/reference/commandline/docker/。這里我簡單解釋一下我們用到的命令和tag的含義：
如果你的存儲系統(tǒng)有權(quán)限管理，需要在格式轉(zhuǎn)換之前，將需要轉(zhuǎn)換的目錄權(quán)限修改為777，否則proteowizard無法訪問和寫入數(shù)據(jù)。操作示例如下：
docker的更詳細(xì)使用文檔在這里：https://docs.docker.com/engine/reference/commandline/docker/。這里我簡單解釋一下我們用到的命令和tag的含義：
docker run：根據(jù)鏡像新啟一個(gè)容器，并運(yùn)行命令。如果本地不存在該鏡像，則會自動網(wǎng)上拉取。
-it: 指示Docker分配一個(gè)與容器的stdin連接的偽TTY，在容器中創(chuàng)建一個(gè)交互式bash shell?？梢岳斫鉃槟氵M(jìn)入容器內(nèi)部進(jìn)行可交互的操作。這里包含了兩個(gè)tag：
–interactive , -i ：Keep STDIN open even if not attached
–tty , -t：Allocate a pseudo-TTY
–rm：當(dāng)容器退出后，便自動刪除容器。
chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses：docker鏡像的名稱
wine msconvert –help：通過wine來運(yùn)行msconvert –help。
如果你的存儲系統(tǒng)有權(quán)限管理，需要在格式轉(zhuǎn)換之前，將需要轉(zhuǎn)換的目錄權(quán)限修改為777，否則proteowizard無法訪問和寫入數(shù)據(jù)。操作示例如下：
好了，可以開始用msconvert進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換：
–env , -e: 設(shè)置環(huán)境變量，是docker run的tag
-o：指定輸出目錄，如果該目錄不存在，會自動創(chuàng)建。是msconvert的tag。
其他常用參數(shù)：
-zlib：使用zlib壓縮
–filter “peakPicking true [1,2]”：對1,2級質(zhì)譜進(jìn)行中心化過濾
更多參數(shù)詳見msconvert的help文檔：http://proteowizard.sourceforge.net/tools/msconvert.html
help文檔給的一些使用例子：
