目前，采用SEURAT等計(jì)算機(jī)算法、激光顯微切割加二代測(cè)序、基于空間條形碼以及高分辨圖像原位測(cè)序等手段，在傳統(tǒng)的基因時(shí)空轉(zhuǎn)錄調(diào)控基礎(chǔ)上，獲得基因表達(dá)組織空間位置信息。這對(duì)于研究發(fā)育問(wèn)題、腫瘤組織細(xì)胞來(lái)源具有重要的價(jià)值。使研究者能夠了解組織中細(xì)胞構(gòu)成多樣性和基因表達(dá)狀態(tài)，對(duì)于揭示細(xì)胞之間相互作用有重要的應(yīng)用價(jià)值。目前，已經(jīng)應(yīng)用到病理學(xué)、腦神經(jīng)學(xué)、腫瘤、免疫以及發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域。

既往方法，或者說(shuō)傳統(tǒng)方法，組織勻漿獲得單細(xì)胞懸液，不可避免地丟失了細(xì)胞在組織中的位置效應(yīng)和基因表達(dá)空間通訊網(wǎng)絡(luò)，三維空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)或三維基因組學(xué)解決了這一難題。