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CUT&Tag技術(shù)與ChIP-seq的比較

2021-10-29 16:42 作者:艾美捷  | 我要投稿

之前,弗雷德哈欽森癌癥研究中心的Henikoff博士在Nature Communication公開(kāi)了CUT&Tag技術(shù)的詳細(xì)結(jié)果與實(shí)驗(yàn)方案。與以往的ChIP-Seq、pA-MNase等方法相比,CUT&Tag技術(shù)方法簡(jiǎn)便易行,信噪比高,重復(fù)性好,需要的細(xì)胞數(shù)量少至60個(gè)細(xì)胞,且有望將ChIP-Seq做到單細(xì)胞水平。

CUT&Tag技術(shù)的基本原理為:

在抗體引導(dǎo)下,ChiTag酶僅在目的組蛋白修飾標(biāo)志、轉(zhuǎn)錄因子或染色質(zhì)調(diào)控蛋白結(jié)合染色質(zhì)的局部進(jìn)行目的DNA的片段化,同時(shí)添加測(cè)序接頭,并釋放到細(xì)胞外。由于絕大部分無(wú)關(guān)的染色質(zhì)還留在細(xì)胞核內(nèi),因此整個(gè)實(shí)驗(yàn)的信噪比大幅提高,同時(shí)簡(jiǎn)化了實(shí)驗(yàn)步驟。該方法可一管式高通量應(yīng)用,并可與單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)“無(wú)縫”結(jié)合。ChiTag酶在打斷基因組的同時(shí)加上接頭,不需要繁瑣的補(bǔ)平加A加接頭,在一天內(nèi)可以完成從細(xì)胞到測(cè)序文庫(kù)制備全流程。

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CUT&Tag和ChIP-seq比較:

艾美捷?CUT&Tag技術(shù)科研工具:

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EpiGentek的CUT&RUN和CUT&Tag技術(shù)。特別是?EpiQuik CUT&RUN M6A RNA富集試劑盒(P-9018)和EpiNext CUT&RUN M6A RNA-Seq試劑盒(P-9016),可以在zui小的非特異性背景水平上,從低輸入RNA樣本中特異性捕獲和富集含有m6A修飾的RNA片段。富集的?RNA?特別適用于快速構(gòu)建非條形碼(單重)和條形碼(多重)文庫(kù),允許以更小的偏差和高分辨率繪制?m6A?區(qū)域。

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cat#?????名稱(chēng)??時(shí)長(zhǎng)

P-2028?EpiNext CUT&RUN Fast Kit??<3小時(shí)

P-9018?EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit??<3小時(shí)

P-9016?EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit??<6小時(shí)

P-2032?EpiNext cTIP (CUT&Tag In-Place)-Sequencing Kit??<5小時(shí)


CUT&Tag技術(shù)與ChIP-seq的比較的評(píng)論 (共 條)

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