筆者需要調(diào)用R包的DESeq2的時候，需要在無root權(quán)限在安裝這一包，并調(diào)用他進行分析。然后，管理員卻只允許安裝在自己的目錄下，且不給系統(tǒng)權(quán)限（僅允許酌情安裝部分系統(tǒng)級層面的依賴）。那么，筆者必然要自己折騰一下如何安裝這些包了。

二 調(diào)用

2.1 調(diào)用指定位置的R包

首先，這關(guān)系到了筆者安裝到指定位置之后，能否調(diào)用的問題。需要指出的是，在linux環(huán)境下，只需要通過export指定R包的使用路徑即可（是不是超級簡單）

2.2 R包安裝

需要說明的是R包安裝有兩種方式，一種是使用BiocManager安裝，一種則是直接安裝。其中，前者是某些生物信息學(xué)分析包如DESeq2指定的安裝的方式，后者則是大部分常用R包的安裝方式。

為了方便大家調(diào)用，我直接將兩種R包安裝方式以腳本的形式給出（是不是超級貼心）。

BiocManager安裝腳本（BiocManager_package_install.R）如下

常規(guī)安裝腳本（package_install.R）如下

到這里，讀者可能好奇，為啥安裝包還需要使用腳本，這是因為在linux系統(tǒng)下，如果每次安裝包都需要直接在R的環(huán)境下安裝，不免有些麻煩。因此讀者需要將兩者安裝方式以腳本形式寫出，這樣下次安裝腳本可以直接使用命令行操作即可。比如，我們需要安裝DESeq2，需要安裝兩種包，一種是BiocManager包

之后，再安裝DESeq2包

2.3?其他問題

當(dāng)然，有些部分還是需要在root權(quán)限下完成的，比如某些R包需要在系統(tǒng)層面安裝某些依賴。如本文的DESeq2，就需要在系統(tǒng)層面上安裝libcurl4-openssl-dev、libssl-dev、libxml2-dev。這部分的話需要讀者聯(lián)系系統(tǒng)管理員進行安裝（這些庫也是需要包需要調(diào)用的必備軟件，系統(tǒng)管理員必然會同意安裝，不然，就自己買個服務(wù)器吧）。

三 慣例小結(jié)

如何將linux系統(tǒng)調(diào)教成自己順手的系統(tǒng)，也是一個比較折騰的活。不過好在筆者在管理系統(tǒng)的時候喜歡折騰。當(dāng)然，折騰的途中也會繼續(xù)記錄其中遇到的坑，方便后續(xù)其他讀者跳過這些坑。

最后，也感謝每一位讀者的支持與鼓勵，本公眾號也會在自己覺得正確的道路上堅持下去的（非常謝謝這位讀者的鼓勵）

四 公眾號其他資源（方便讀者使用）

本公眾號開發(fā)的相關(guān)軟件，Multi-omics Hammer軟件和Multi-omics Visual軟件歡迎大家使用。

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Multi-omics Visual軟件下載地址：https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03

PS：因為本軟件是用python腳本撰寫，調(diào)用了部分依賴包，用戶首次使用需要安裝python以及對應(yīng)的包，安裝之后便可永久使用。

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五 每日一圖（源自Stable-diffuse創(chuàng)作）??