一? alphafold簡介alphafold2應(yīng)該算是徹底改變計(jì)算生物學(xué)在生物學(xué)家心中地位的利器了。這是一個(gè)可以媲美冷凍電鏡的人工智能算法，在諸多生物學(xué)領(lǐng)域得到了應(yīng)用。比如藥物開發(fā)、復(fù)合物解析、蛋白質(zhì)功能解析等諸多領(lǐng)域得到了深刻而廣泛的認(rèn)識。并且，諸多論文只要能夠蹭上一點(diǎn)alphafole，給人的感覺也會變得高大上起來。因此，本人將從一個(gè)生信小白的角度，教大家如何使用這一分析利器，為自己的論文添磚加瓦。二 調(diào)用延續(xù)之前的推文，首先，讀者需要在自己的服務(wù)器上安裝GPU的驅(qū)動(dòng)，隨后安裝dock（需要安裝nvidia-docker2才能調(diào)用GPU）

按照前一篇推文《docker初探》的命令進(jìn)入docker容器中

隨后，進(jìn)入app->alphafold目錄中。

此時(shí)，按照提示安裝對應(yīng)的依賴。

報(bào)錯(cuò)：AttributeError: module 'jaxlib.pocketfft' has no attribute 'pocketfft'
解決方法：官方調(diào)用的包會有問題，需要升級相應(yīng)的包和安裝相應(yīng)的包。

然后，調(diào)用run_alphafold_test.py，即可實(shí)現(xiàn)alphafold的初步測試。

運(yùn)行結(jié)果如下，可以看出測試部分還是很很快運(yùn)行結(jié)束的

需要注意的是，alphafold的真正使用需要安裝相應(yīng)的數(shù)據(jù)集才能完成準(zhǔn)確的預(yù)測，這里僅僅是測試一下。如下圖所示，一個(gè)完成的alphafold運(yùn)行需要極大的存儲空間（不少于兩個(gè)T的空間）。

三 慣例小結(jié)

可以看出，使用docker進(jìn)行運(yùn)算，可以避免系統(tǒng)環(huán)境的改變，同時(shí)通過安裝已有docker，滿足了相應(yīng)軟件的安裝環(huán)境，實(shí)在是一舉兩得的好方法。只是，這個(gè)也會消耗過多的內(nèi)存，不建議在自己的電腦上這樣使用。

PS：封面圖來自AI（stable-diffusion）繪圖理解的蛋白質(zhì)折疊（典型的人工智障）

Multi-omics Hammer軟件下載地址：

https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

Multi-omics Visual軟件下載地址：https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03

PS：因?yàn)楸拒浖怯胮ython腳本撰寫，調(diào)用了部分依賴包，用戶首次使用需要安裝python以及對應(yīng)的包，安裝之后便可永久使用。

本公眾號開發(fā)的相關(guān)軟件，Multi-omics Hammer軟件和Multi-omics Visual軟件歡迎大家使用。文末是本公眾號在其他平臺的賬戶，也歡迎大家關(guān)注并多提意見。

簡書：WJ的生信小院

公眾號：生信小院

博客園：生信小院

最后，也歡迎各位大佬能夠在本平臺上：1傳播和講解自己發(fā)表的論文；2：發(fā)表對某一科研領(lǐng)域的看法；3：想要達(dá)成的合作或者相應(yīng)的招聘信息；4：展示自己以尋找博后工作或者博士就讀的機(jī)會;5:博導(dǎo)提供博后工作或者博士攻讀機(jī)會，都可以后臺給筆者留言。希望本平臺在進(jìn)行生信知識分享的同時(shí)，能夠成為生信分析者的交流平臺，能夠?qū)崿F(xiàn)相應(yīng)的利益互補(bǔ)和雙贏（不一定能實(shí)現(xiàn)，但是夢想總得是有的吧）。

另外，怎么說呢，投幣也可，不強(qiáng)求，但奢求。