福爾馬林固定石蠟包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded，F(xiàn)FPE）是醫(yī)學(xué)病理研究中保存臨床組織樣本的標準方法，利用該方法存檔著大量生物樣品。通過這種方法保存的樣本承載著眾多疾病學(xué)信息，但因其 RNA 質(zhì)量下降，轉(zhuǎn)錄本降解等原因，解析 FFPE 樣本的寶貴信息一直困難重重。針對這一難點，博奧晶典重磅推出 FFPE 樣本單細胞+空間組學(xué)解決方案，多維度解析 FFPE 樣本中的珍貴信息！

FFPE?樣本單細胞基因表達?Flex?解決方案

與之前只適用于新鮮樣本有完整 polyA 尾的 3’ 單細胞轉(zhuǎn)錄組相比，單細胞基因表達 Flex 技術(shù)通過對人、小鼠設(shè)計專用特異性探針芯片來實現(xiàn)靶基因捕獲，對 RNA 質(zhì)量及轉(zhuǎn)錄本完整度要求大大降低。Flex 技術(shù)特異芯片上帶 Probe Barcode 的探針與 FFPE 樣本脫蠟解離后獲得的細胞懸液雜交，可直接捕獲靶基因，再通過 10x Genomics Chromium X 系統(tǒng)微流控通道與含有 10x Barcode 的凝膠珠（Gel beads）結(jié)合，被油滴包裹形成油包水結(jié)構(gòu)的微體系（GEMs），從而實現(xiàn)在單細胞水平上獲取FFPE樣本中保存的珍貴信息。

單細胞基因表達 Flex 數(shù)據(jù)表現(xiàn)

通過單細胞基因表達Flex技術(shù)對多種類型的FFPE樣本（包括人類肺癌、結(jié)直腸癌、膠質(zhì)母細胞瘤FFPE樣本等）測序分析，其中8個不同類型樣本最終獲得的基因數(shù)最高約2300個，UMI中值最高約4200，保存時間、捕獲細胞數(shù)、基因中位數(shù)等具體結(jié)果表現(xiàn)展示如下：

表1 人體組織 FFPE 樣本數(shù)據(jù)結(jié)果展示

利用單細胞基因表達 Flex 技術(shù)對浸潤性導(dǎo)管癌 FFPE 樣本測序分析，最終得到的數(shù)據(jù)顯示基因數(shù)為 1203 個，UMI 中位數(shù)為 1802，細胞圖譜分析得到 13 種細胞類型（包括成纖維細胞、T 細胞、B 細胞、巨噬細胞等）。具體表現(xiàn)如下：

FFPE樣本空間轉(zhuǎn)錄組測序解決方案

基于 CytAssist 系統(tǒng)進行的 10x CytAssist FFPE 空間轉(zhuǎn)錄組測序可以同時獲得同一 FFPE 組織切片中的組織學(xué)相關(guān)信息。首先在普通玻片上進行 FFPE 組織切片的脫蠟、染色、成像、解交聯(lián)和探針雜交，再通過 Visium CytAssist 儀器捕捉明場圖像，確定感興趣的病理區(qū)域，最后 Visium CytAssist 系統(tǒng)將普通玻片組織切片上的轉(zhuǎn)錄組信息轉(zhuǎn)移到 Visium 捕獲區(qū)域，通過帶有不同位置標簽的探針捕獲轉(zhuǎn)錄組信息，從而獲取 FFPE 切片不同空間位置的轉(zhuǎn)錄表達水平。

CytAssist 空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)表現(xiàn)
分別對人類卵巢癌、皮膚黑色素瘤 FFPE 樣本進行 CytAssist 空間轉(zhuǎn)錄組測序分析，得到的 Spot 基因數(shù)中值最高可達 8792，滿足后續(xù)數(shù)據(jù)分析與深度挖掘的需求。詳細的組織覆蓋 Spots 數(shù)、Spot 基因中位數(shù)及 Reads 中位數(shù)等數(shù)據(jù)結(jié)果如下：

長期以來，針對 FFPE 樣本中寶貴信息的破譯十分有限，博奧晶典推出的 FFPE 樣本單細胞+空間組學(xué)技術(shù)服務(wù)體系，可以最大限度的將最先進的研究方法結(jié)合起來，挖掘更深層次的 FFPE 樣本信息，一份樣本多維度解析，喚醒沉睡的 FFPE 樣本庫！

博奧晶典科研服務(wù)

博奧晶典單細胞組學(xué)技術(shù)服務(wù)已經(jīng)完成了 12000 多例樣品、幾百種不同樣品類型的服務(wù)，覆蓋的物種和樣品類型包括人、小鼠、雞、斑馬魚、豬、水稻、擬南芥、油菜、白菜、橄欖等，以及肝臟、肺臟、皮膚、心臟、腦、腎臟、血液、卵巢、神經(jīng)等組織類型；空間組學(xué)技術(shù)已經(jīng)完成了 600 多個冰凍或石蠟樣品、50 多種不同組織類型的服務(wù)，是目前國內(nèi)大規(guī)模單細胞及空間測序經(jīng)驗極豐富的公司。2022 年博奧晶典已經(jīng)在單細胞及空間組學(xué)領(lǐng)域累計支持發(fā)文 130 余篇，總影響因子超過 2500 分，一年內(nèi)支持登頂三篇?Nature?期刊重磅文章！博奧晶典在單細胞及空間方面所做開拓性的產(chǎn)品布局為您的項目保駕護航，所取得的優(yōu)異成績讓我們有充足的信心進一步服務(wù)好廣大客戶。
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