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跟著Nature學(xué)畫圖~R語(yǔ)言ggtree展示進(jìn)化樹(shù)并添加圖片注釋~歡迎關(guān)注公眾

2023-01-12 11:23 作者:薛采愛(ài)吃魚香肉絲  | 我要投稿

1.首先得有一個(gè)生成好的進(jìn)化樹(shù)文件-nwk格式

up根據(jù)圖片自己模擬了樹(shù)文件(強(qiáng)?。。。。?/p>

從樹(shù)文件——nwk文件反推,各數(shù)字代表含義

2. ggtree可視化進(jìn)化樹(shù)

2.1 安裝ggtree包

借助于BiocManager::install("ggtree")
llibrary(ggtree)
tree<-read.tree("nature/nature_tree_1.nwk")#讀取進(jìn)化樹(shù)

2.2 繪制簡(jiǎn)單的樹(shù)

  • ggtree(tree)+geom_tiplab()

2.3 圖形超出邊界的情況xlim()

theme_tree2() 顯示橫軸的范圍

  • ggtree(tree)+geom_tiplab()+xlim()

#改橫軸的值范圍(NA,4.5 ) 寬闊不少

2.4 改變樹(shù)形的線條粗細(xì)tree后面

  • ggtree(tree,size=2)+geom_tiplab()+xlim()

直接在ggtree(tree,size=2)

2.5 修改標(biāo)簽label到樹(shù)的距離

參數(shù):offset=

  • ggtree(tree,size=2)+geom_tiplab(offset=1)+xlim(NA,4.5)

up嘗試了很多次才選擇了0.05這個(gè)數(shù)值比較完美,自己做的話也需要多次嘗試找到適合自己的樹(shù)的距離

  • ggtree(tree,size=2)+geom_tiplab(offset=0.05)+xlim(NA,4.5)

2.6 調(diào)整標(biāo)簽——物種名的字體斜體和去掉下劃線_

參數(shù):font=

  • ggtree(tree,size=2)+geom_tiplab(offset=0.05,font=“italic”)+xlim(NA,4.5)

思路:替換,將下劃線替換成空格

使用stringr包,str_place()里面的參數(shù)分別是:替換前內(nèi)容A,需要替換的細(xì)節(jié)b,替換的那個(gè)東西c(將A中的b替換成c)===將標(biāo)簽中的下劃線替換成空格

  • library(stringr)
  • str_place("a_b","_"," ")
  • aes(label=str_place(label,"_"," "))
  • ggtree(tree)+geom_tiplab(offset = 3,font="italic",aes(label=str_replace(label,"_"," ")))+?xlim(NA,400)

2.7 在末端添加圖片

注意:

圖片需放在進(jìn)化樹(shù)目錄下

圖片名需和label的名字一樣

函數(shù):image參數(shù)

還是一個(gè)映射aes的思想:將目錄里的圖片一一粘貼paste到樹(shù)上標(biāo)簽旁邊(給標(biāo)簽加圖片,所以處理還是在geom_tiplab()),

還需要調(diào)整圖片距離末端的遠(yuǎn)近:使用offset()或者使用PS/PDF編輯器直接挪動(dòng)修改距離

  • +geom_tiplab(aes(image=paste0("nature/",label,"png")),geom="image",offset=1.25,size=0.2)


  • PDF編輯器修改距離和大小



與論文里的圖一模一樣了~優(yōu)秀的小明老師







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