大家好，歡迎觀看《時空日報》第13期。本期追蹤到時空/單細胞組學相關研究文章共計6篇。以下是應用時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、成年獼猴全皮層單細胞分辨率空間圖譜揭示細胞組織模式

Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in the macaque cortex

Cell; IF: 64.500; DOI: 10.1016/j.cell.2023.06.009

內容概要：通過對成年雄性食蟹獼猴的大腦左半球進行冠狀切片，結合華大自主研發(fā)的高分辨率時空組學技術Stereo-seq和snRNA-seq，繪制了全球首個非人靈長類全腦皮層空間單細胞圖譜，揭示了獼猴大腦皮層各細胞類型具有腦區(qū)和層依賴的定位模式，并特別指出各種細胞類型的區(qū)域分布與視覺系統和體感系統中各腦區(qū)的層級結構之間的關系。跨物種比較分析進一步揭示了在L4層富集的靈長類特異性細胞類型。

2、什么、哪里及如何：植物的翻譯調控和翻譯景觀

What, where, and how: Regulation of translation and the translational landscape in plants

The Plant Cell; IF: 11.600; DOI: 10.1093/plcell/koad197

內容概要：首先概述了植物中的mRNA翻譯，然后討論該領域的實驗方法和最新發(fā)現，重點關注未注釋的翻譯事件和通過mRNA上的順式調控元件、反式作用因子進行的翻譯控制，以及通過3個保守的翻譯調節(jié)因子TOR、SnRK1和GCN2的信號網絡。最后，簡要介紹了翻譯控制中mRNA的空間調控。

3、蛋白質復合物結合調控染色質微相分離

Regulation of chromatin microphase separation by binding of protein complexes

eLife; IF: 8.713; DOI: 10.7554/eLife.82983

內容概要：該研究分析了RNA聚合酶II（RNAP）與染色質的關聯，發(fā)現其呈現核-殼結構，類似于微相分離，其中核由密集染色質組成，殼由密度較低的RNAP和染色質組成。因此，提出了染色質的最小模型，并發(fā)現影響染色質結合蛋白復合物結合強度的遺傳修飾可能會調節(jié)染色質所經歷的溶劑質量，并調節(jié)基因組的物理組織。

4、多樣性近交系小鼠骨髓基質細胞的單細胞轉錄組學：群體水平scRNA-seq研究模型

Single-cell transcriptomics of bone marrow stromal cells in Diversity Outbred mice: a model for population-level scRNA-seq studies

Journal of Bone and Mineral Research; IF: 6.200; DOI: 10.1002/jbmr.4882

內容概要：使用scRNA-seq技術對來自5只多樣性近交系小鼠的骨髓基質細胞進行轉錄組分析，確認了骨髓基質細胞在體外培養(yǎng)條件下結合scRNA-seq可作為一種可擴展且具有生物學信息的模型，用于生成大規(guī)模群體中間充質細胞譜系的細胞類型特異性轉錄組學分析。

5、使用SEAGAL揭示空間基因關聯：用于空間轉錄組數據分析和可視化的Python包

Unravelling spatial gene associations with SEAGAL: a python package for spatial transcriptomics data analysis and visualization

Bioinformatics?(Oxford, England); IF: 5.800; DOI: 10.1093/bioinformatics/btad431

內容概要：介紹了一種名為SEAGAL的Python軟件包（https://github.com/linhuawang/SEAGAL），用于檢測和可視化單基因和基因集水平的空間基因相關性。該軟件包可接受基因表達和對齊的空間坐標作為輸入，允許分析和可視化基因的空間相關性和細胞類型的共定位。輸出可以作為火山圖和熱圖進行可視化，提供了一種易于使用但全面的挖掘空間基因相關性的工具。

6、通過模塊化TCR表達從scRNA-seq數據中鑒定人類γδ T細胞

Human γδ T cell identification from single-cell RNA sequencing datasets by modular TCR expression

Journal of Leukocyte Biology; IF: 5.500; DOI: 10.1093/jleuko/qiad069

內容概要：開發(fā)了一種基于常量和變量TRA/TRB和TRD基因的模塊化基因表達的TCR模塊評分策略，用于在大型scRNA-seq數據集中準確識別人類γδ T細胞。該策略在不同組織和不同亞型的γδ T細胞數據集中表現穩(wěn)定，因此，可將基于TCR基因模塊得分的分析方法作為識別和重新分析5'-end scRNA-seq數據集中γδ T細胞的標準化工具。

《時空日報》是華大時空基于時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot功能板塊，推出的聚焦于時空組學領域學術前沿的欄目。該欄目以實時、精準追蹤時空組學前沿為目標，共享最新時空知識，助力生命科學和臨床醫(yī)學發(fā)展。