來源：“分子動力學(xué)”公眾號

鏈接：https://mp.weixin.qq.com/s/zvOJk-4tt7LrTKqZlUuaqA

分子動力學(xué)是一個交叉學(xué)科，需要掌握很多內(nèi)容，下面大致整理了一些。

理論

分子動力學(xué)：這個是最基礎(chǔ)的了，不了解就沒法往下走了；

力場：任何計算都要用到，所以最好能夠熟悉一些常見的力場模型；

系綜：這個東西可以說很復(fù)雜，需要學(xué)習(xí)統(tǒng)計力學(xué)，如果掌握對于計算過程會理解更透徹。

基礎(chǔ)環(huán)境

linux：一些基本的命令是必須要學(xué)的；

bash：如果能編寫一些簡單的bash程序，會大大提高工作效率；

python：bash只適合文件操作，如果涉及到數(shù)學(xué)運算，最好還是會python。

連接軟件

Mobaxterm：這個軟件功能很強大，支持SSH、FTP以及GUI窗口彈出；

putty：功能雖然有限，但很小巧，只有1M不到；

Filezilla：FTP神器；

WinSCP：有一款常用的FTP軟件。

計算軟件

lammps：使用最多的分子動力學(xué)軟件，應(yīng)用與各種領(lǐng)域；

Gromacs：也有很多人使用，主要用于高分子的模擬；

vasp：最專業(yè)的第一性原理計算軟件；雖然是搞分子動力學(xué)計算，但肯定還是少不了第一性原理的；

建模軟件

Materials studio：應(yīng)該是最強大的建模軟件了；

Python：前面已經(jīng)提到了；有很多復(fù)雜的模型需要編程實現(xiàn)。

可視化軟件

VESTA：老牌軟件，可以在win和linux下使用，功能很多；

OVITO：后起之秀，可以在win和linux下使用，支持文件類型多，可視化速度快，渲染效果好；

VMD：可以在linux環(huán)境下實現(xiàn)文件的快速可視化；

atomeye：可以在linux下快速可視化cfg格式的文件。

繪圖軟件

Origin：搞科研必備軟件，絕大部分論文里面的圖都是用這個畫的；

gnuplot：linux系統(tǒng)自帶，可以快速繪制曲線，也有一些數(shù)學(xué)處理功能。

Excel：微軟的產(chǎn)品，雖然不能用于最終繪圖，平時用起來還是很好的。

文檔編輯軟件

Notepad++：windows下功能強大的文本編輯軟件；

vi/vim：linux下功能強大的文本編輯軟件；

latex：寫論文用，特別是公式比較多的時候，學(xué)習(xí)成本有點高，學(xué)會了很好用。

學(xué)習(xí)建議

不要看到列了一堆軟件就嚇到了，實際上有很多軟件都很簡單，安裝上就會用，學(xué)習(xí)成本幾乎為0（當(dāng)然如果要擅長使用還是需要花個把小時摸索一下）

比如連接類軟件（Mobaxterm, putty, filezilla, WinSCP）、可視化軟件（OVITO、VESTA、VMD）、繪圖類軟件（Origin、Excel）、文檔編輯類軟件（Notepad++、vi/vim）。

對于新手入門的一些簡單的建議：

首先，要對分子動力學(xué)基本原理有一些基本的了解，知道它到底是在干什么，找一本相關(guān)的書讀一下就可以了。

然后，要對Linux基本操作有一些掌握，熟悉一些常用的命令。

再就是學(xué)習(xí)一款分子動力學(xué)軟件，比如lammps。

到這你就算入門了！

但這只是一個開始，更多的時間可能要花在如何將分子動力學(xué)應(yīng)用到你的研究中。