關(guān)于Image J宏命令腳本實(shí)現(xiàn)圖片批量處理代碼整合
1. 免疫組化AOD平均光密度批量分析
使用腳本之前請(qǐng)仔細(xì)學(xué)習(xí)視頻教程，相關(guān)參數(shù)需要根據(jù)實(shí)際圖片修改，主要是閾值范圍和set measurement需要勾選的參數(shù)： 進(jìn)哥網(wǎng)站介紹：https://www.jingege.wang/2022/01/25/average-density/
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i 閾值范圍和圖片擴(kuò)展名 。
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i 參考5 ，主要需要修改的就是 文件擴(kuò)展名 和 高斯模糊的sigma值
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
///運(yùn)行前在目錄下新建一個(gè)文件夾process
for(i=0;i 參考5 ，主要需要修改的就是 文件擴(kuò)展名 和 閾值范圍
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i 閾值和圖片擴(kuò)展名 。
//Analyze wound healing
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i
////Merge channels
var red_label = "-1.tif"; //edu
var blue_label = "-2.tif"; //nuclear
path = getDirectory("Choose a Directory to proess");
list = getFileList(path);
for (i = 0; i < list.length; i++) {
if(endsWith(list[i],red_label)){
label = substring(list[i], 0,1); //Get the different title labels
print(label);
open(path + label+red_label);
open(path + label+blue_label );
image_r = label+red_label;
image_b = label+blue_label;
run("Merge Channels...", "c1="+image_r+ " c3="+image_b);
saveAs("tif", path+ label);
saveAs("tif", path+"merge/"+ label);
run("Close");
}
}
