時隔兩年，circAtlas又更新了！2023年9月22日，中國科學(xué)院北京生命科學(xué)研究所趙方慶團隊在Nucleic Acids Research（IF=14.9）發(fā)表新版本circAtlas 3.0，文章名稱“circAtlas 3.0: a gateway to 3 million curated vertebrate circular RNAs based on a standardized nomenclature scheme”。circAtlas是環(huán)狀RNA研究領(lǐng)域一款有影響力的綜合數(shù)據(jù)庫，最初的版本發(fā)布于2018年。

根據(jù)數(shù)據(jù)庫名稱我們就可以看出，作者的宗旨是打造一個囊括環(huán)狀RNA全面信息的綜合數(shù)據(jù)庫。事實上，circAtlas也確實為我們提供了豐富的資源。特別地，它囊括了人類和多種脊椎動物不同組織的環(huán)狀RNA，同時數(shù)據(jù)庫也囊括了環(huán)狀RNA多種特征，包括物種保守性、miRNA結(jié)合信息、RBP結(jié)合信息以及功能和疾病等內(nèi)容。

那么，circAtlas 3.0又為我們帶來了哪些新的內(nèi)容呢？

? 物種從最初的6個拓展到了10個，組織擴充到了33個

? circRNA數(shù)量收集已超過了3百萬

? 將二代測序和三代測序數(shù)據(jù)信息整合，提供了環(huán)狀RNA全長信息

? 為探索癌癥circRNA提供了癌癥臨床樣品信息

? 根據(jù)環(huán)狀RNA社區(qū)倡議對環(huán)狀RNA進(jìn)行了規(guī)范化命名

? 更新了一些環(huán)狀RNA關(guān)聯(lián)的內(nèi)容，例如物種同源性、基因組版本切換、RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測以及功能注釋等

大家可以通過以下兩個網(wǎng)址訪問：

? https://ngdc.cncb.ac.cn/circatlas/

? http://circatlas.biols.ac.cn/

寫在最后~

環(huán)狀RNA社區(qū)的家人們與環(huán)狀RNA一路相隨，肯定對circAtlas已經(jīng)相當(dāng)熟悉，這次circAtlas 3.0版本的更新應(yīng)該也能給大家的研究項目帶來新的啟發(fā)。

當(dāng)然也要吐槽一下，circAtlas關(guān)于環(huán)狀RNA在各個組織中的統(tǒng)計圖不見了~