蟻景網(wǎng)安滲透測試工程師班2023
最后得到clean Data，用于后續(xù)分析，如SNV calling
對germline變異，現(xiàn)在最常用的是GATK的best practice流程。如果是癌癥樣本，GATK有對應的流程，也有其他的軟件，如Varscan等，不在本文討論范圍內(nèi)。
04 SNV calling
04-1 數(shù)據(jù)預處理: map, sort, mark duplicates, base recalibration
給參考基因組建立索引
#create index
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