蛋白質(zhì)組是低水平和高水平表達(dá)的基因產(chǎn)物的集合。蛋白質(zhì)樣品的制備是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的關(guān)鍵步驟，因為蛋白質(zhì)提取的質(zhì)量和可重復(fù)性會顯著影響質(zhì)譜的下游鑒定效率和能力。低豐度蛋白質(zhì)的可靠性和定量比較是蛋白質(zhì)組學(xué)分析中的一大挑戰(zhàn)。

蛋白質(zhì)組是一個非常復(fù)雜的系統(tǒng)。與都是化學(xué)均質(zhì)的DNA和RNA不同，蛋白質(zhì)的異構(gòu)性非常強(qiáng)，并且在大小、電荷、疏水性和結(jié)構(gòu)方面差異很大。高豐度蛋白質(zhì)，例如肌動蛋白和微管蛋白或人血清白蛋白，補(bǔ)體系統(tǒng)的蛋白質(zhì)和抗體是蛋白質(zhì)組的重要組成部分，可以通過適當(dāng)?shù)念A(yù)處理更有效地檢測出與細(xì)胞反應(yīng)最相關(guān)的低豐度調(diào)節(jié)蛋白。另外，許多蛋白質(zhì)會經(jīng)歷翻譯后修飾過程，并且可能含有與其結(jié)合的多種非肽部分，這種化學(xué)異構(gòu)性也使分離蛋白質(zhì)極具挑戰(zhàn)性。目前為止，在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中還沒有制備蛋白質(zhì)樣品的通用方法。準(zhǔn)備方案根據(jù)樣品來源、靶蛋白的物理特性和亞細(xì)胞位置、蛋白豐度和基質(zhì)效應(yīng)等的差異而不同。