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爾云間生信代碼│怎樣利用R"survival"package做生存分析

2022-07-12 14:36 作者:爾云間  | 我要投稿

科研有捷徑,輸入代碼,一鍵獲取科研成果!就是這么省事,來具體看下有多方便!

搜索http://985.so/a9kb查看全部代碼(目前共計50+持續(xù)新增中),也可以點擊右側(cè)【目錄】,可以看到更多有趣的代碼;真香提示:文末可以知道如何獲取代碼~

1.安裝R Package: survival(藍色字體為代碼)??install.packages("survival")

2.加載library (survival)

該包可以包含以下幾個函數(shù):

Create a survival subject: Surv

Kaplan Meier Estimator: survfit

Mantel-Haenzel Test: survdiff

Cox Model: coxph

3.以包自帶數(shù)據(jù)PBC數(shù)據(jù)為例

data(pbc,package="survival")

surdays<-with (pbc, Surv(pbc$time, pbc$status==2))

Ps.+代表截尾數(shù)據(jù)

survfit(Surv(pbc$time, pbc$status==2)~1)

plot(survfit(Surv(pbc$time, pbc$status==2)~1))

diff<-survdiff(Surv(pbc$time,pbc$status==2)~pbc$trt)

pvalue<-1-pchisq(diff$chisq,length(diff$n)-1)

fit<-survfit(Surv(pbc$time,pbc$status==2)~pbc$trt)

plot(fit,col=c("green","red"),xlab?='Time(days)',ylab='Overall?survival'


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