泛用的工作流圖示如下

基本的步驟差不多為? a：數(shù)據(jù)的收集和初步整理? b：生成矩陣計(jì)算距離聚類(lèi)分區(qū)? c：可視化

原始的數(shù)據(jù)分為兩大塊，物種的分布數(shù)據(jù)和物種的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系信息。

物種分布數(shù)據(jù)可以是點(diǎn)數(shù)據(jù)，多邊形數(shù)據(jù)或柵格數(shù)據(jù)。點(diǎn)數(shù)據(jù)往往來(lái)自主要的數(shù)據(jù)中心，是一個(gè)生物記錄對(duì)應(yīng)坐標(biāo)的那種數(shù)據(jù)，可以來(lái)自GBIF或標(biāo)本記錄觀測(cè)記錄。多邊形數(shù)據(jù)就像POWO那樣的，物種分布范圍，在這個(gè)多邊形框中改物種有分布，可以從國(guó)際保護(hù)聯(lián)盟派生
自然的空間數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取(https://www.iucnredlist.org/resources/ spatial-data-download)。點(diǎn)數(shù)據(jù)可能會(huì)在小尺度上呈現(xiàn)聚集和重疊，坐標(biāo)位置需要篩選出可用記錄。柵格數(shù)據(jù)往往來(lái)自物種分布模型，比如aquamaps。前兩種應(yīng)該是主要的數(shù)據(jù)來(lái)源，柵格數(shù)據(jù)說(shuō)實(shí)話沒(méi)見(jiàn)過(guò)，不太懂。

物種的系統(tǒng)發(fā)育信息指的是帶枝長(zhǎng)信息的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)，植物是有現(xiàn)成的大樹(shù)，可以直接從網(wǎng)上下下來(lái)，也可以從NCBI上下基因自己建樹(shù)。

分布數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)換標(biāo)準(zhǔn)化為comm，物種關(guān)系的樹(shù)截取或添加物種，得到所有觀測(cè)到的物種間關(guān)系的數(shù)據(jù)。

原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為稀疏矩陣后，分布信息跟親緣關(guān)系信息根據(jù)物種名稱(chēng)對(duì)其，保證兩個(gè)數(shù)據(jù)間是匹配對(duì)應(yīng)的。然后算系統(tǒng)發(fā)育β多樣性，根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育額獨(dú)特性來(lái)對(duì)柵格進(jìn)行聚類(lèi)，劃分出生物地理區(qū)系。

通過(guò)可視化來(lái)直觀展示結(jié)果。

這個(gè)工作流需要的命令都在圖中，每個(gè)命令Phyloregion manual中都有介紹，可以根據(jù)字母排列順序查找。

下面這兩篇文獻(xiàn)一個(gè)是這個(gè)R包介紹文章，里面附帶有實(shí)例，另一個(gè)是利用這個(gè)包進(jìn)行的全球植物分區(qū)研究，剛好動(dòng)植物各一個(gè)例子，可以作為參考。

Daru B H, Karunarathne P, Schliep K. phyloregion: R package for biogeographical regionalization and macroecology[J]. Methods in Ecology and Evolution, 2020, 11(11): 1483-1491.

Carta A, Peruzzi L, Ramírez‐Barahona S. A global phylogenetic regionalization of vascular plants reveals a deep split between Gondwanan and Laurasian biotas[J]. New Phytologist, 2022, 233(3): 1494-1504.