質(zhì)譜本身就是一種用于化合物定性定量鑒定的技術(shù)，因此，進行質(zhì)譜分析前不需要已知的蛋白質(zhì)含量，定量不是質(zhì)譜分析前的必要條件，而是質(zhì)譜分析的結(jié)果。

質(zhì)譜通過檢測各肽段離子的信號峰強度信息結(jié)合生物信息學手段進行蛋白質(zhì)含量鑒定，續(xù)航用的基于的質(zhì)譜的蛋白定量方法可以根據(jù)是否使用標簽分為標記策略和非標記策略（Label Free），標記策略使用同位素標簽標記不同的肽段，如TMT（串聯(lián)質(zhì)量標簽）、SILAC（細胞培養(yǎng)中氨基酸的穩(wěn)定同位素標記）、iTRAQ（相對定量和絕對定量等壓標簽）以及15N代謝標記等。質(zhì)譜定量結(jié)果一般為相對含量，如果使用已知濃度的內(nèi)標肽作為標準品，則可以根據(jù)內(nèi)標肽的量、內(nèi)標肽的信號強度以及肽段樣品的信號強度計算出蛋白質(zhì)的絕對含量。

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