01.第一批中央指定的書記、校長職務(wù)由中央管理的副部級(jí)大學(xué)（13所,1992年）

北京大學(xué)

清華大學(xué)

中國農(nóng)業(yè)大學(xué)

中國人民大學(xué)

北京師范大學(xué)

北京理工大學(xué)

北京航空航天大學(xué)

哈爾濱工業(yè)大學(xué)

中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)

復(fù)旦大學(xué)

上海交通大學(xué)

西安交通大學(xué)

西北工業(yè)大學(xué)

02.第二批增列的副部級(jí)大學(xué)（7所,2000年）

浙江大學(xué)

南京大學(xué)

中山大學(xué)

南開大學(xué)

武漢大學(xué)

四川大學(xué)

天津大學(xué)

03.第三批增列的副部級(jí)大學(xué)（11所,2003年12月）

中南大學(xué)

華中科技大學(xué)

山東大學(xué)

廈門大學(xué)

同濟(jì)大學(xué)

西北農(nóng)林科技大學(xué)

大連理工大學(xué)

吉林大學(xué)

重慶大學(xué)

東南大學(xué)

蘭州大學(xué)