VMD 是一款免費的分子可視化軟件，可以實現(xiàn)以多種模式展示分子結(jié)構(gòu)、制作動態(tài)動畫以及分析分子運動軌跡等操作。在往期推文中我們介紹了

分子模擬||VMD圖像保存實用教程

第一性原理||通過VMD對Bader電荷進行著色

分子模擬||VMD統(tǒng)計并繪制氫鍵?那么本期將介紹如何利用VMD實現(xiàn)局部分子結(jié)構(gòu)的顯示與導(dǎo)出。

VMD可以以多種模式展示分子的結(jié)構(gòu)，通過其自帶的selection功能可以實現(xiàn)局部分子結(jié)構(gòu)或模型的選取。具體路徑：打開VMD>Graphics>Representations

在選擇之前，需要建立一個新的圖層，點擊Create Rep選項卡，再在Selected Atoms中輸入選擇語句即可。

常見的selection語句及其含義如下：

X<10：選擇所有X軸坐標小于10埃的全部原子。Y和Z方向保持不動。該語句適用于各種含有界面選擇的模擬體系，選擇不同的位置進行分析。

X<10 and Y<10 and Z<10：表示選擇一個長度為10埃的正方體區(qū)域內(nèi)的原子。在這里“and”表示“與”的意思。XYZ方向的起點默認是0，也可自己給定，如X>2 and X<10 and Y>2 and Y<10 and Z>2 and Z<10

within語句的使用（PDB表示整個A分子）

1.within xx of resname PDB：距離A分子xx距離內(nèi)B分子的分布。xx可以任意指定，輸入特定的xx值，可以觀察到特定的信息，如A分子的水合結(jié)構(gòu)。

2.not within xx of resname PDB：距離A分子xx距離以外B分子的分布。

3.exwithin xx of resname PDB：距離A分子xx距離內(nèi)B分子的分布，但不顯示A分子。

4.PDB within xx of residue 1：距離殘基號1 xx距離內(nèi)A分子的分布。通過指定特定的殘基號，可以觀察長鏈分子中特定基團周圍其他分子的分布情況。

在使用within命令的時候，部分分子沒有完全顯示，可以通過在選擇命令前面加上same residue as保留顯示完整的分子結(jié)構(gòu)。

如same residue as within xx of resname PDB：距離A分子xx距離內(nèi)B分子的分布，并保留完整的分子結(jié)構(gòu)。

以磷脂雙分子層生物膜結(jié)構(gòu)舉例：

初始結(jié)構(gòu)如下圖所示，上下兩層中間的水分子是多余的，在建模的時候需要去除，可以通過VMD實現(xiàn)。

具體的坐標位置，可以通過打開Mouse>Label>Atoms，再在具體的模型上選擇原子，即可知道原子的坐標位置，以此來估算Z軸方向進行選擇的范圍。

對于特定選擇的分子結(jié)構(gòu)，VMD支持多種格式文件的導(dǎo)入和導(dǎo)出，如gro，pdb文件等。具體操作如下圖所示：