微生物肥料與土壤可持續(xù)發(fā)展生產力水平之間是相輔相成的關系。土壤進行物理、化學性狀的改善企業(yè)都是可以通過研究微生物和有機物的共同作用來管理達到提高修復土壤主要目的的。具有可持續(xù)社會生產力的土壤環(huán)境都有一個較高的持水保肥能力，具有透氣性，以及存在較多的生物量和有機質。這里所述的生物量除了一些植物細胞生長的根系、土壤微小動物外主要是利用微生物。微生物肥料施入土壤后會分解吸收有機質，并且能夠合成分泌大量的多糖和聚氨基酸等黏性物質。這些用戶黏性物質混同土壤無機顆粒和殘存有機顆粒表面形成不同土壤的團粒結構。團粒結構設計之間是否含有大量的空氣，在團粒結構系統(tǒng)內部也相對比較疏松。

　　團聚體結構的形成破壞了細土層中的毛細管，減少了土壤水分沿毛細管蒸騰的損失。長期使用化肥的土壤容易固化，含氣量較少，水分容易被毛細管揮發(fā)到土壤致密層中，保水能力差，容易干燥。顆粒結構的土壤可以吸收更多的水分、空氣和肥料。由于團聚體的松散性，壓實土的毛細管被破壞。當水分蒸發(fā)時，水分不再揮發(fā)到空氣中，因此土壤中的團聚體保持相對濕潤和松散。施用微生物肥料的土壤具有抗旱性，在雨季，由于有機質豐富，微生物生長的土地就像泡沫塑料海綿一樣具有吸水性。

　　微生物也有能力將容易被雨水帶走的養(yǎng)分轉化為自己的結構成分，并在作物需要時慢慢釋放出來。比如無機氮肥轉化為含氮聚氨基酸、蛋白質、細胞內含氮有機物等。將易流失的鉀吸收到巨大的莢膜多糖中，在作物缺鉀時緩慢釋放;土壤中的不溶性磷慢慢轉化為可溶性磷供作物吸收。微生物在繁殖和生長過程中，還合成各種低分子量、具有生物活性的物質，對增加收入、改善作物品質有很大作用。

　　微生物在分解有機質的過程中產生大量的有機酸，對鹽堿地的改造非常有利。因為有機質的分解產物大部分是酸堿緩沖劑，它們的存在使得土壤pH趨于穩(wěn)定，不會受到外加肥料等酸堿物質的影響。從而減少氮肥的揮發(fā)和磷肥的固化，節(jié)約化肥的用量。

　　由于微生物不斷分解土壤中的有機物質，這一過程產生一定量的生物能，使土壤比不使用生物肥料時更加溫暖，這有利于植物生長和抵抗低溫。

　　由于我國微生物作為肥料能不斷地進行分解利用秸稈等農業(yè)生產廢棄物，田間其他雜物少，有害的化學合 成物少，這樣的土壤保水、 保肥、保溫，又透氣，保持了土壤的可持續(xù)發(fā)展生產力。