O-糖基化糖譜分析就是對(duì)質(zhì)譜檢測(cè)形成的質(zhì)荷比（m/z）圖譜進(jìn)行分析。糖基化修飾是最復(fù)雜最常見(jiàn)的蛋白質(zhì)翻譯后修飾方式之一，其鑒定分析也面臨著巨大的挑戰(zhàn)，高靈敏度高通量的生物質(zhì)譜技術(shù)是目前研究蛋白質(zhì)糖基化修飾的首選技術(shù)手段。糖基化修飾鑒定分析主要包括鑒定糖基化類(lèi)型、糖基化位點(diǎn)、糖鏈結(jié)構(gòu)以及定量。O-糖基化修飾鑒定相比N-糖基化修飾鑒定更復(fù)雜，因?yàn)镺型糖苷鍵沒(méi)有保守的氨基酸序列，沒(méi)有特征修飾序列可做修飾位點(diǎn)預(yù)測(cè)；且O糖鏈的結(jié)構(gòu)復(fù)雜多樣，沒(méi)有核心五糖結(jié)構(gòu)，糖鏈多分支，可以形成從單糖到大分子磺酸化多糖不等的分子結(jié)構(gòu)；目前還尚未發(fā)現(xiàn)可以將O-糖鏈整體從多肽鏈上切割下來(lái)的內(nèi)切酶。

質(zhì)譜技術(shù)鑒定O-糖基化修飾蛋白質(zhì)是通過(guò)檢測(cè)被電離的蛋白肽段的質(zhì)荷比來(lái)實(shí)現(xiàn)的。每個(gè)肽段離子經(jīng)過(guò)質(zhì)譜儀檢測(cè)都會(huì)得到其質(zhì)荷比的質(zhì)譜圖，將肽段離子的質(zhì)荷比數(shù)據(jù)與數(shù)據(jù)中標(biāo)準(zhǔn)的數(shù)值進(jìn)行比對(duì)，可以計(jì)算出該肽段的相對(duì)分子質(zhì)量，進(jìn)而推導(dǎo)出肽段的氨基酸序列。連接有O-聚糖的糖肽與相同氨基酸組成的沒(méi)有連接O-聚糖的糖肽在相對(duì)分子質(zhì)量上存在特定差異，質(zhì)譜分析能檢測(cè)其分子質(zhì)量從而發(fā)現(xiàn)這種差異，找出發(fā)生糖基化修飾的肽段和氨基酸。