土壤的成分包括礦物質(zhì)、粘土等無機物、植物及植物的遺體、腐殖物質(zhì)等土壤有機物以及在土壤中存在的微生物。

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提取的難點：

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從土壤中提取的DNA，是微生物、動植物遺體等的總DNA，同時，腐殖物質(zhì)的性質(zhì)與DNA很相似，DNA提取過程中會將腐殖等物質(zhì)一起純化，采用傳統(tǒng)的DNA提取方法來除去腐殖物質(zhì)等抑制因子是十分困難的。而這些腐殖物質(zhì)會抑制聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）及限制性酶切等。因而，從土壤中提取DNA，腐殖物質(zhì)等抑制因子的除去干凈是重中之重。某公司根據(jù)腐殖物質(zhì)等特點，發(fā)明了高效的腐殖酸吸附劑，再與硅膠柱純化的技術(shù)結(jié)合，開發(fā)出了高效土壤DNA提取試劑盒（SoilDNAKit），已為廣大客戶所采用，完全能夠替代價格昂貴的進(jìn)口產(chǎn)品。

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原理與操作：

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土壤樣品加入懸浮緩沖液Buffer C1，并加入玻璃珠與zhuanli的腐殖酸吸附劑Buffer C2，渦旋使土壤充分重懸，腐殖物質(zhì)充分釋放，讓吸附劑有效吸附腐殖酸。再加入高效的裂解液Buffer C3并渦旋在玻璃珠的摩擦作用下，裂解土壤中的所有生物包括G+細(xì)菌、酵母菌、真菌、藻類、線蟲甚至真細(xì)菌的孢子、芽孢、動植物遺體等，游離DNA。之后，再加入沉淀劑Buffer C4，離心沉淀除去土壤殘渣、吸附有腐殖酸的吸附劑、多糖多酚、絕大部分的色素等，獲得清亮的、含有DNA的上清，上清加入異丙醇沉淀獲得DNA粗品。粗品中加入ddH2O溶解后，再加入Buffer C5離心進(jìn)一步除去腐殖酸等雜質(zhì)，獲得上清，往上清加入乙醇后轉(zhuǎn)移到硅膠純化柱中過柱吸附DNA，除去雜質(zhì)。再加入漂洗液Buffer WB離心進(jìn)一步除去蛋白質(zhì)、腐殖酸等雜質(zhì)，加入漂洗液DNA Wash Buffer除去鹽分等。干燥柱子后加入滅菌去離子水后，離心獲得高純的DNA。

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艾美捷土壤DNA提取試劑盒樣品使用量與DNA產(chǎn)出數(shù)據(jù)參考：

土壤zui大上樣量：250mg

處理的土壤類型：所有土壤類型

純化柱zui大結(jié)合載量：50 ug

純化柱-zui大液體輸入體積：650 uL

10個樣品的純化時間：30 minutes

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64000土壤DNA提取試劑盒測試：

用Real-time PCR來確認(rèn)提取的DNA是否有高質(zhì)量。使用Norgen的土壤DNA提取試劑盒（貨號：64000）和Competitor M的試劑盒，從250mg粘土（含有低腐殖酸）和表層土壤（含有高腐殖酸）樣品中分離出土壤DNA。使用4 μL土壤DNA（總PCR反應(yīng)體積為20 μL）進(jìn)行Real-time PCR，檢測來自不同土壤樣品的16s rDNA。與Competitor M的樣品（綠線）相比，Norgen的DNA樣品（紅線）的較早的Ct值表明下游應(yīng)用的土壤DNA質(zhì)量更高。