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DNA聚合酶基因擴增QPCR實驗

2023-03-16 09:52 作者:如期生物  | 我要投稿

一、實驗原理

QPCR(Quantitative PCR,定量PCR)是一種利用PCR(Polymerase Chain Reaction,聚合酶鏈反應(yīng))技術(shù)來定量檢測DNA樣品中某個特定基因的表達量的方法。它是PCR技術(shù)的一種應(yīng)用,通過放大DNA片段并測定熒光素信號的強度,可以準確地計算出目標基因的表達量。相比于傳統(tǒng)的PCR技術(shù),QPCR可以檢測到更低濃度的DNA,并且具有更高的準確性和可重復(fù)性。

Melt Curve Plot



二、應(yīng)用領(lǐng)域

QPCR廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)領(lǐng)域,特別是基因表達調(diào)控和疾病診斷等方面。通過QPCR可以快速、準確地檢測基因表達的變化,進一步了解基因在生物體內(nèi)的功能和作用機制。

(1) 基因表達調(diào)控研究:QPCR可以用來定量檢測不同條件下基因的表達量,進一步研究基因表達的調(diào)控機制。例如,可以使用QPCR來研究生物體在不同發(fā)育階段、不同環(huán)境適應(yīng)或不同疾病狀態(tài)下基因表達的變化。

(2)疾病診斷:QPCR可以用來檢測人類或動物體內(nèi)的病原微生物或疾病相關(guān)基因的表達量,如檢測病毒、細菌、真菌等的感染情況,以及檢測癌癥相關(guān)基因的表達量,用于輔助疾病的診斷和治療。

(3)藥物篩選:QPCR可以用于篩選藥物對特定基因的影響。通過檢測藥物對基因表達的調(diào)控效應(yīng),可以尋找新的治療靶點或評估已有藥物的療效。

(4)食品安全監(jiān)測:QPCR可以用來檢測食品中的致病微生物或基因改造成分等。例如,可以使用QPCR來檢測食品中的大腸桿菌、沙門氏菌、轉(zhuǎn)基因成分等,以保證食品的安全性。

三、實驗流程

QPCR是一種快速、準確、可重復(fù)的技術(shù),可以用來檢測基因表達的變化,廣泛應(yīng)用于基因表達調(diào)控的研究中。

1. RNA提取和反轉(zhuǎn)錄:首先需要從細胞或組織樣品中提取總RNA,使用反轉(zhuǎn)錄酶將RNA轉(zhuǎn)錄成cDNA。RNA提取和反轉(zhuǎn)錄過程需要注意樣品的質(zhì)量和純度,以保證實驗結(jié)果的可靠性。

2.引物設(shè)計:選擇合適的引物是QPCR實驗的重要步驟。引物應(yīng)當(dāng)與目標基因序列特異性結(jié)合,并且能夠在PCR反應(yīng)中擴增出可靠的產(chǎn)物。通常需要設(shè)計兩對引物,一對用于擴增目標基因,另一對用于擴增內(nèi)部參照基因。

3.制備PCR反應(yīng)體系:將cDNA、引物、熒光素和Taq聚合酶混合在一起。熒光素可以是SYBR Green或特定的探針。反應(yīng)體系需要注意物質(zhì)的比例和質(zhì)量,以保證PCR反應(yīng)的準確性和可重復(fù)性。

4. PCR反應(yīng):將反應(yīng)體系加入PCR儀中進行PCR反應(yīng)。PCR反應(yīng)的溫度和時間需要根據(jù)引物的特性進行優(yōu)化,以保證PCR反應(yīng)能夠擴增出特異性產(chǎn)物。通常需要進行多輪PCR反應(yīng),檢測熒光素信號的強度,確定PCR反應(yīng)曲線和Ct值(Cycle threshold,PCR反應(yīng)的臨界周期數(shù))。

5. 數(shù)據(jù)分析:通過計算目標基因和參考基因的Ct值差異,得出目標基因的表達量相對于參考基因的表達量的比值。通常使用2^-ΔΔCt法來計算相對表達量,其中ΔΔCt = (Ct目標基因 - Ct參考基因)實驗組 - (Ct目標基因 - Ct參考基因)對照組,實驗組和對照組是兩組不同的實驗樣品。

Amplification Plot



四、樣品的基本要求

6. 樣品純度:樣品需要具有高純度,避免污染和干擾。RNA樣品需要避免DNA、蛋白質(zhì)、RNA酶和有機物等污染物的存在,DNA樣品需要避免RNA和蛋白質(zhì)等污染物的存在??梢允褂梅肿由飳W(xué)方法如吸光比、瓊脂糖凝膠電泳等方法檢測樣品純度。

7. 品濃度:樣品濃度應(yīng)該適中,一般在20~200 ng/μl之間,避免樣品濃度過高或過低導(dǎo)致PCR反應(yīng)效果不佳。

8. 樣品完整性:樣品需要完整,避免分解、降解或受到其他因素損傷。RNA樣品需要避免長時間儲存、高溫等因素的影響,DNA樣品需要避免受到紫外線、酶等的損傷。

9.樣品來源:樣品的來源需要清楚明確,避免使用含有其他生物體的雜交樣品或者污染樣品。

實驗數(shù)據(jù)提供:

提供詳細的實驗報告(包括詳細的試劑、儀器、實驗條件、操作步驟等)、定量數(shù)值結(jié)果及圖形結(jié)果。

我們提供的均為客觀的原始數(shù)據(jù),不對這些數(shù)據(jù)的意義做統(tǒng)計分析;如您有統(tǒng)計方面的要求,請在簽署合同時知會我們。

PCR電泳




以下是一些關(guān)于定量PCR的文獻:

Bustin SA, Benes V, Garson JA, et al. The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Clin Chem. 2009;55(4):611-622. doi:10.1373/clinchem.2008.112797

Livak KJ, Schmittgen TD. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method. Methods. 2001;25(4):402-408. doi:10.1006/meth.2001.1262

Higuchi R, Fockler C, Dollinger G, Watson R. Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions. Bio/Technology. 1993;11(9):1026-1030. doi:10.1038/nbt0993-1026

這些文獻涵蓋了定量PCR的一些基本概念、實驗設(shè)計、數(shù)據(jù)分析以及常見的問題和挑戰(zhàn)。如果您對定量PCR有特定的研究興趣,可以在PubMed或其他科學(xué)文獻數(shù)據(jù)庫中搜索相關(guān)文獻。


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