GSEA分析原理及流程方法【百邁客生物】

GSEA的輸入是一個(gè)基因表達(dá)量矩陣，樣本分成A和B兩組，首先按照差異表達(dá)程度對所有基因進(jìn)行排序。排序后的基因列表，頂部是上調(diào)的差異基因，底部是下調(diào)的差異基因。原理有些復(fù)雜，但是網(wǎng)友的解釋簡明易懂——給定一個(gè)排序的基因表L（待分析的數(shù)據(jù)集）和一個(gè)預(yù)先定義的基因集S (比如某個(gè)代謝通路的基因集，基因組上物理位置相近的基因，或同一GO注釋下的基因)，GSEA的目的是判斷S里面的成員在L中是隨機(jī)分布還是主要聚集在L的頂部或底部。這些基因排序的依據(jù)是其在不同表型狀態(tài)下的表達(dá)差異，若基因集S的成員顯著聚集在L的頂部或底部，則說明此基因集成員對表型的差異有貢獻(xiàn)，也是我們關(guān)注的基因集。

常見的GSEA富集分析的結(jié)果圖形有3種類型，分別為如圖1所示的標(biāo)準(zhǔn)GSEA富集分析圖形；圖2所示GSEA富集總的結(jié)果圖形；圖3所示的GSEA富集分析結(jié)果點(diǎn)陣圖。