circRNA過表達(dá)與干擾研究攻略
? ? ? ? circRNAs是一類不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共價(jià)鍵形成環(huán)形結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子。circRNA具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu),區(qū)別于傳統(tǒng)的線性RNA,大量存在于真核轉(zhuǎn)錄組中。大部分的circRNA是由外顯子序列構(gòu)成,在不同的物種中具有保守性,同時(shí)存在組織及不同發(fā)育階段的表達(dá)特異性。
近年來有大量研究表明circRNA與疾病的發(fā)生發(fā)展相關(guān),是目前研究熱點(diǎn)之一。然而由于circRNA環(huán)狀結(jié)構(gòu)的特殊性,在構(gòu)建過表達(dá)和干擾載體的過程中會遇到諸多難點(diǎn)。先來說過表達(dá),circRNA過表達(dá)難點(diǎn)可總結(jié)為這三點(diǎn):(1)成環(huán)效率低:使用不同的促成環(huán)框架序列(Alu元件或反向互補(bǔ)序列),對于不同基因的過表達(dá)效率可能有差異,序列偏長或偏短的circRNA成環(huán)效率可能會偏低。(2)成環(huán)準(zhǔn)確率低:在插入的circRNA序列側(cè)翼使用促成環(huán)框架序列,這樣的載體過表達(dá)circRNA成環(huán)較容易,但不易在準(zhǔn)確的AG-GT位點(diǎn)處剪切成環(huán)。(3)特殊情況:對于特殊序列來源或非AG-GT剪切環(huán)化模式的circRNA,使用現(xiàn)有的載體無法實(shí)現(xiàn)高效成環(huán)。
為解決以上難題,漢恒生物研發(fā)了一款高效成環(huán)過表達(dá)載體系統(tǒng):
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圖1漢恒HB circ-EnhancedTM circRNA環(huán)化系統(tǒng)
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該成環(huán)系統(tǒng)有以下幾個(gè)特點(diǎn):
(1)人巨細(xì)胞病毒的CMV啟動子可以高效表達(dá)目的circRNA;
(2)上下游成環(huán)元件Front circ-signal和Back circ-signal可以高效促使表達(dá)的circRNA環(huán)化;
(3)線性化的載體非常方便目的circRNA直接無縫克隆,極大降低無關(guān)序列參與成環(huán)的幾率。
該載體可用來轉(zhuǎn)染哺乳動物細(xì)胞,高效表達(dá)circRNA并促使其高效成環(huán)。同時(shí),漢恒生物也可提供病毒包裝服務(wù),病毒載體見圖2。
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圖2漢恒HB circ-EnhancedTM circRNA研究工具載體系統(tǒng)
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接著來講講circRNA干擾。一般是針對circRNA的成環(huán)處設(shè)計(jì)多條siRNA序列,篩選可特異性干擾circRNA表達(dá)的序列,構(gòu)建shRNA病毒載體并包裝所需病毒。之所以針對成環(huán)處設(shè)計(jì)干擾序列,是因?yàn)檫@樣可避免干擾到線性宿主基因,以確保后續(xù)實(shí)驗(yàn)過程中不會因線性化的宿主基因被錯(cuò)誤干擾導(dǎo)致細(xì)胞功能的改變。
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circRNA過表達(dá)和干擾,漢恒生物可提供以下服務(wù):
(1)circRNA過表達(dá)和干擾質(zhì)粒構(gòu)建;
(2)circRNA過表達(dá)和干擾慢病毒,腺病毒,腺相關(guān)病毒包裝;
(3)基于慢病毒技術(shù)的穩(wěn)定細(xì)胞系構(gòu)建服務(wù);
(4)circRNA精確成環(huán)驗(yàn)證。
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