BioSciTools單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組10X-Genomics SingleCell-RNASeq分析
1.Update Description
2.Algorithm New Apps
3.SingleCell New Apps
1.Update Description
BioSciTool
v1.3.2
Website:https://bioscitools.github.io
Github:https://github.com/bioscitools/bioscitools.github.io
親愛的BioSciTools用戶:
高校開學(xué)已有些時(shí)間，此次BioSciTool更新帶來基于10X Genomics測(cè)序CellRange輸出結(jié)果的單細(xì)胞常規(guī)轉(zhuǎn)錄組(SingleCell RNA-Seq)數(shù)據(jù)分析程序。多個(gè)程序主要參考10X Genomics數(shù)據(jù)格式和Seurat數(shù)據(jù)分析流程，允許用戶執(zhí)行數(shù)據(jù)QC、細(xì)胞過濾、線粒體基因占比統(tǒng)計(jì)、Feature過濾、高變Feature鑒定、PCA分析及JackStraw對(duì)PCA的選擇、細(xì)胞UMAP/TSNE聚類、所有Cluster的Marker基因選擇，所有分析中輸出可視化結(jié)果和對(duì)應(yīng)的表格數(shù)據(jù)。更新程序如下：Algorithm分類中更新Heatmap、CircosHeatmap，SingleCell分類中更新FeatureQC, FeatureFilter, FeatureVariable, FeaturePCA, PCAJackStraw, CellUMAP, CellTSNE, MarkerViolin, MarkerUMAP, MarkerHeatmap, CellAnnotation。下面做簡(jiǎn)單介紹：
2.Algorithm New Apps
2.1 Heatmap
常規(guī)矩陣數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的熱圖可視化
2.2 CircosHeatmap
矩陣數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),以Circos環(huán)狀熱圖可視化
3.SingleCell New Apps
3.1 FeatureQC
過濾低質(zhì)量的通常具有很少的基因的細(xì)胞或空液滴，過濾細(xì)胞雙倍體或多重體可能表現(xiàn)出異常高的基因計(jì)數(shù)。
3.2 FeatureFilter
低質(zhì)量/垂死的細(xì)胞通常表現(xiàn)出廣泛的線粒體污染，使用PercentageFeatureSet（）函數(shù)計(jì)算線粒體質(zhì)量控制指標(biāo)，使用所有以MT開頭的基因作為一組線粒體基因，最終過濾過濾具有超過2500或少于200個(gè)獨(dú)特特征的細(xì)胞，過濾線粒體計(jì)數(shù)>5%的細(xì)胞。
3.3 FeatureVariable
首先使用全局縮放歸一化方法“LogNormalize”，該方法將每個(gè)單元的特征表達(dá)式測(cè)量值歸一化為總表達(dá)式，將其乘以縮放因子（默認(rèn)為10000），并對(duì)結(jié)果進(jìn)行對(duì)數(shù)變換。然后鑒定高度可變特征的識(shí)別（特征選擇）。
3.4 FeaturePCA
應(yīng)用線性變換縮放作為PCA等降維技術(shù)之前的標(biāo)準(zhǔn)預(yù)處理步驟。對(duì)標(biāo)準(zhǔn)化后的數(shù)據(jù)執(zhí)行PCA。默認(rèn)情況下，僅使用先前確定的變量特征作為輸入。
3.5 PCAJackStraw
基于JackStraw算法對(duì)PCA分析的所有或前20個(gè)PC執(zhí)行計(jì)算評(píng)估，計(jì)算所得含有P-value，并可視化選擇最符合條件的1-n個(gè)PC。
3.6 CellUMAP
細(xì)胞聚類后基于UMAP (Uniform Manifold Approximation and Projection)非線性降維使得細(xì)胞在圖中聚簇。
3.7 CellTSNE
細(xì)胞聚類后基于TSNE (t-distributed Stochastic Neighbor Embedding)非線性降維使得細(xì)胞在圖中聚簇。
3.8 MarkerViolin
基于所有細(xì)胞聚類篩選差異表達(dá)基因作為Marker基因，可以可視化多個(gè)Marker基因在多個(gè)細(xì)胞類群中的表達(dá)。
3.9 MarkerUMAP
基于所有細(xì)胞聚類篩選差異表達(dá)基因作為Marker基因，可以可視化多個(gè)Marker基因在多個(gè)細(xì)胞類群中的表達(dá)。
3.10 MarkerHeatmap
基于所有細(xì)胞聚類篩選差異表達(dá)基因作為Marker基因，可以可視化多個(gè)Marker基因在多個(gè)細(xì)胞類群中的表達(dá)。
3.11 CellAnnotation
根據(jù)細(xì)胞特征基因鑒定細(xì)胞類群，并注釋所有細(xì)胞類群。
后續(xù)預(yù)告：?jiǎn)渭?xì)胞空間組學(xué)相關(guān)的程序正在寫，預(yù)計(jì)在下次更新中增加！
