《真魔神ZERO VS 黑暗大將軍》是《真魔神ZERO》的續(xù)作漫畫,于2013年開始連載,2016年完結(jié)，全部35話。本作依然由余湖裕輝作畫, 田畑由秋負責劇本。

在前作中跨越過無數(shù)絕望的甲兒、密涅瓦等人終于開始了平靜的日常生活。但是故事還是要繼續(xù)，魔神Z還得接著出戰(zhàn)。某日一位自稱預言家的神秘老人，出現(xiàn)在甲兒等人的面前，并且做出預告，邁錫尼帝國的黑暗大將軍即將帶領大軍對人類發(fā)起進攻。神秘老人說的沒錯，此時世界各地都出現(xiàn)了肆意皮懷的機械怪獸，這些戰(zhàn)斗獸就是黑暗大將軍的各個軍團的部下。

這回甲兒要面對的怪獸們與地獄博士的機械獸實力可謂是完全不同，前作中魔神Z近乎無敵超合金Z身軀被幾個雜兵外表的怪獸們拆了個七零八落。

雖然甲兒依靠自己的戰(zhàn)斗經(jīng)驗將這幾個雜兵解決，但也付出了沉重的代價，魔神Z大破，甲兒本人也身受重傷。前作中甲兒依靠著改造后的機械身軀一直戰(zhàn)至最后，應該是類似終結(jié)者的完全形態(tài)，但是在打敗地獄博士后機械身體的核心部件“空中元素固定裝置”發(fā)生異常，機械身體的關鍵機能也因此無法正常運作。在弓教授的幫助下，通過人體胚胎干細胞培養(yǎng)技術，甲兒從又恢復了與常人無異的血肉之軀，作為代價甲兒也就失去了近乎打不死也不會受傷的鋼鐵身體。

重傷的甲兒經(jīng)過大手術總算是活了下來。為了探尋事件的真相，甲兒開始尋找那位精準預言的神秘老人。在之前戰(zhàn)斗的廢墟，神秘老人與甲兒再度相遇。原來神秘老人的真身就是甲兒的父親，兜劍造博士。由于甲兒改變了世界線，造成了多次融合現(xiàn)象，所以其他世界線里活著的兜劍造在這個世界中出現(xiàn)了。在兜劍造博士的世界里，邁錫尼帝國并沒有消失，并且原本兜劍造博士就正在準備與黑暗大將軍率領邁錫尼帝國的勢力戰(zhàn)斗。

但由于世界線的融合，兜劍造與黑暗大將軍同時在這個世界現(xiàn)身。兜劍造說，為了避免魔神化，魔神Z與甲兒最好不要出擊，他已經(jīng)準備了對黑暗大將軍的決勝王牌，還有24小時就能將其完成。說完之后兜劍造駕駛便駕駛著大魔神轉(zhuǎn)身離去。

當甲兒從光子力研究所的地下樓層蘇醒時，光子力研究所的地上部分已經(jīng)完全消失，并且怪人軍團也正在漸漸向地下入侵。波士等人戰(zhàn)死，弓教授殞命，正當沙也加命懸一線的緊要關頭，甲兒還是駕駛殘破的魔神Z再度出擊。

即使如此還沒有到兜劍造完成決勝王牌所需要的24小時，短短幾個小時的時間竟會如此漫長······

為了完成召喚七大將軍的儀式，黑暗大將軍并沒有殺死甲兒，而是將魔神Z與甲兒當做祭品。

就在萬分緊急關頭，兜劍造的決勝王牌劍鐵也與大魔神終于完成，偉大的勇者大魔神的究竟能否擊敗黑暗大將軍？

大魔神加入戰(zhàn)場后完全一副魔神無雙的架勢，此時大魔神的身軀由比超合金Z更強的超合金NEW Z，不但強度有所提升，還能一定程度的改變合金的形態(tài)為大魔神提供更多的武器。

清理完雜兵后，便到了BOSS戰(zhàn)時間，雙刀客大魔神與大劍俠黑暗大將軍打得勢均力敵、難分勝負。

但此時本應該被吊起來的魔神Z突然覺醒、殘破的身體開始復原，加入到黑暗大將軍與大魔神的戰(zhàn)斗中。大劍俠黑暗大將軍沖著魔神Z就是一刀，但是魔神化的魔神Z就單手就接住了巨劍。

魔神化的魔神Z再次展現(xiàn)出驚人的力量，不但輕松地擊飛將黑暗大將軍，還意圖與大魔神一較高下?？吹竭@一幕的兜劍造意識到自己犯下大錯，大魔神原本是為了防止魔神Z魔神化毀滅世界而制造的超級機器人，只要大魔神將所有敵人擊倒的話魔神Z就沒必要出擊，但實際上魔神Z的魔神化與敵方和友方并沒有關系，只要魔神Z面前出現(xiàn)有威脅的力量就會刺激魔神化的發(fā)生。