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繪制脊型圖和馬賽克圖/SCI論文/科研/研究生/生信分析熱點思路

2023-01-03 09:28 作者:爾云間  | 我要投稿


? ? 要繪制脊型圖需要用到spineplot函數(shù)。首先我們需要建立兩個向量,作為繪圖的材料。

treatment <- factor(rep(c(1, 2), c(43, 41)), levels = c(1, 2),

????????????????????labels = c("placebo", "treated"))

improved <- factor(rep(c(1, 2, 3, 1, 2, 3), c(29, 7, 7, 13, 7, 21)),

???????????????????levels = c(1, 2, 3),

???????????????????labels = c("none", "some", "marked"))

? ? 注意需要因子型向量哦。

只需要一行spineplot(improved ~ treatment),基本的圖形就出來了。

? ? 為了節(jié)省是我們直接使用R自帶的數(shù)據(jù)集UCBAdmissions,這里面有適合畫脊型圖的數(shù)據(jù)。

spineplot(marginSums(UCBAdmissions, c(3, 2)),main = "Applications at UCB")

spineplot(marginSums(UCBAdmissions, c(3, 1)),main = "Admissions at UCB")

? ? 在spineplot函數(shù)中,會默認(rèn)以行作為橫坐標(biāo),以列為縱坐標(biāo)對數(shù)據(jù)進(jìn)行分型,非常方便。我們平時作圖用到的數(shù)據(jù)多為表格,這種用法更常見,但以向量作為輸入會更靈活。比如下方操作。

fail <- factor(c(2, 2, 2, 2, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 1, 2, 1,

?????????????????1, 1, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 1),

???????????????levels = c(1, 2), labels = c("no", "yes"))

temperature <- c(53, 57, 58, 63, 66, 67, 67, 67, 68, 69, 70, 70,

?????????????????70, 70, 72, 73, 75, 75, 76, 76, 78, 79, 81)

spineplot(fail ~ temperature)

spineplot(fail ~ temperature, breaks = 3)

spineplot(fail ~ temperature, breaks = quantile(temperature))

? ? 通過調(diào)試break參數(shù)可以完成對圖形更精細(xì)的控制,調(diào)整變量分布范圍。

展示數(shù)據(jù)有一種更加直觀的方法——馬賽克圖,繪制馬賽克圖需要用到函數(shù)mosaicplot。

mosaicplot(marginSums(UCBAdmissions, c(3, 2)),main = 'masaike',color = c('green','red'),ylab = 'sex')

? ? 馬塞圖與脊型圖有相似之處,若是變量為布爾型,脊型圖會更加合適,若是變量數(shù)目較多就只能畫馬賽克圖。在面對不同函數(shù)時,畫圖用到的很多參數(shù)都是相似的,學(xué)習(xí)時可以互相借鑒能夠更快掌握。


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