文章首發(fā)于CSDN，B站，簡(jiǎn)書(shū)等。先吐槽一句，簡(jiǎn)書(shū)應(yīng)該快倒閉了。

基因組的序列提取，詳情請(qǐng)看我之前的教程https://www.jianshu.com/p/211a262aebc4

下面講如何在windows系統(tǒng)上用blast做基因家族的鑒定：

1，下載

在NCBI網(wǎng)站上下載blast工具“https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download”

點(diǎn)擊進(jìn)入ftp下載地址，選擇自己電腦合適版本的blast工具，這下載好慢呀

2，安裝并準(zhǔn)備好文件

安裝好后，進(jìn)入名為“bin”的文件夾，我用2.11版本的blast舉例，由前人的文獻(xiàn)我們知道了擬南芥的全部bZIP轉(zhuǎn)錄因子，我們想要知道毛果楊中的bZIP轉(zhuǎn)錄因子，其中一種方法就用擬南芥的bZIP成員進(jìn)行blast比對(duì)。首先將這些擬南芥的bZIP轉(zhuǎn)錄因子的蛋白序列提取整理好成fasta格式的文件，將提取好的毛果楊4.0版本的全部蛋白質(zhì)，二者都拷貝一份到這個(gè)bin文件夾，文件命名不要有空格和中文。

3，操作

在電腦的左下方，輸入cmd，進(jìn)入命令提示符：

我的bin文件夾的地址是D:\ncbi-blast-2.11.0\blast-2.11.0+\bin，所以我先進(jìn)入D盤(pán)，輸入命令：

D：

再輸入命令，進(jìn)入bin文件夾：

cd ncbi-blast-2.11.0\blast-2.11.0+\bin

再對(duì)毛果楊的全部蛋白建庫(kù)，生成dbname中間文件，命令：

makeblastdb -in Ptrichocarpa_533_v4.1.protein.fasta -dbtype prot -out dbname

再用擬南芥的bZIP轉(zhuǎn)錄因子的作為比對(duì)序列，進(jìn)行blast比對(duì)，并輸出seq.blast的結(jié)果文件：

blastp -query Arabidopsis_bzip.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4

等待約20s，結(jié)束了

我們看回bin文件夾，會(huì)多出一些文件，包括seq.blast結(jié)果文件，用excel打開(kāi)并保存為excel的格式

結(jié)果：

更多關(guān)于blast的教程和結(jié)果解讀分析，可以自行百度，網(wǎng)上的教程非常多。