爾云間一個(gè)專(zhuān)門(mén)做科研的團(tuán)隊(duì)

原創(chuàng)?小果?生信果

1. UCSC網(wǎng)址訂制

網(wǎng)址：https://xenabrowser.net/

2.選擇DATA SETS ，出現(xiàn)所有數(shù)據(jù)集。

3.選擇Pan-Cancer (PANCAN) (41datasets)，得到所有信息。

4.各種數(shù)據(jù)下載(包括表達(dá)量，臨床信息，突變信息等）。

TPM下載：

wget? https://toil-xena-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/tcga_RSEM_gene_tpm.gz

下載phenotype

wget? https://tcga-pancan-atlas-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/TCGA_phenotype_denseDataOnlyDownload.tsv.gz

下載分期

wget https://tcga-pancan-atlas-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/Survival_SupplementalTable_S1_20171025_xena_sp

下載突變信息

wget https://tcga-pancan-atlas-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/mc3.v0.2.8.PUBLIC.xena.gz

ID和Gene symbol對(duì)應(yīng)列表下載

wget https://toil.xenahubs.net/download/probeMap/gencode.v23.annotation.gene.probemap

注：最終下載了所需要的各種數(shù)據(jù)類(lèi)型，數(shù)據(jù)在通過(guò)服務(wù)器下載會(huì)比較快。

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關(guān)注小果，小果將會(huì)持續(xù)為你帶來(lái)更多生信干貨哦。

生信果? 生信入門(mén)、R語(yǔ)言、生信圖解讀與繪制、軟件操作、代碼復(fù)現(xiàn)、生信硬核知識(shí)技能、服務(wù)器等原創(chuàng)內(nèi)容