1、實質(zhì)審查是應申請人請求而作出的，且申請人需要同時繳納費用，如果申請人在規(guī)定期限內(nèi)未繳納此項費用或未提出請求，則所提出的發(fā)明申請，即使已經(jīng)公布，也將因此被視為撤回，也就是白白貢獻給社會而不能獲得專利權(quán)。初步審查請求則是提交申請之時默認提出的，申請人只需繳納基本的申請費和公布費并提交符合法律要求的文件即可令其申請進入初步審查程序。

2、實質(zhì)審查的內(nèi)容比初步審查要多得多，要求也相對嚴格了很多，在新穎性、創(chuàng)造性和實用性、說明書公開程度、權(quán)利要求撰寫是否符合要求等方面設(shè)立了更高的標準。符合標準則獲得授權(quán)，不符合標準則被駁回。

3、因為標準更高、審查員工作量更大，所以實質(zhì)審查程序持續(xù)時間也比初步審查要長很多。此期間內(nèi)，申請人需要根據(jù)審查員的要求，在規(guī)定時間內(nèi)提交答復意見和對申請文件的修改，直至申請文件符合授權(quán)標準。否則審查員有權(quán)予以駁回。