你還在用這些方式呈現(xiàn)腦功能連接圖嗎？

這樣？

這樣？

或者這樣？

想知道如何讓自己繪制的功能連接圖更好看，在一眾論文中脫穎而出，吸引審稿人的目光嗎？想把自己從審美疲勞中解放出來(lái)，畫(huà)出像下面這樣的圖嗎？

那么就必須提到今天的主角——繪圖軟件Circos，以圈圖形式清晰明了的展示兩個(gè)腦區(qū)之間的連接；靈活性強(qiáng)，可以任意加載數(shù)據(jù)；顏色亮麗。Circos是如此美麗又強(qiáng)大，卻因?yàn)榘惭b門(mén)檻高勸退了無(wú)數(shù)心動(dòng)的研究者，今天就以最最最小白的視角，逐步教大家安裝Circos。

Circos簡(jiǎn)介

官網(wǎng)地址：http://circos.ca/

Circos是一款基于perl開(kāi)發(fā)，起初是用于基因組數(shù)據(jù)可視化的軟件，逐漸衍生到其他領(lǐng)域。作為一款免費(fèi)軟件，它可以輕易地根據(jù)純文本的配置文件，將用戶數(shù)據(jù)的輸入數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為像素圖或者矢量圖。

1.下載并解壓好安裝包

①可從官網(wǎng)下載：

http://circos.ca/software/download/

②或在茗創(chuàng)公眾號(hào)后臺(tái)回復(fù)‘circos’獲取本次示例全部軟件包及模塊。

2.安裝 Strawberry Perl 或者 ActiveState Perl

①通過(guò)官網(wǎng)下載：http://www.perl.org

②解壓后，雙擊circos_install_windows文件夾中的strawberry-perl-5.28.1.1-64bit.msi 進(jìn)行安裝

③勾選后點(diǎn)擊next

④記住自己的安裝路徑，點(diǎn)擊next

⑤Install

⑥點(diǎn)擊Finsh安裝完成

注意：整個(gè)circos_install_windows文件夾，需要將它放到剛剛安裝perl的所在盤(pán)。比如Perl安裝在C盤(pán)，則將circos_install_windows文件夾移到C盤(pán)，其安裝情況以此類推。（以第④步圖中安裝路徑為例，strawberry文件夾和circos_install_windows文件夾并列在C盤(pán)中）

按“WIN+R”鍵打開(kāi)運(yùn)行面板，輸入cmd，點(diǎn)擊確定；

或者直接搜索cmd打開(kāi)；

出現(xiàn)以下界面：

然后在控制臺(tái)cmd中輸入測(cè)試命令：perl -v，如果能正確輸出版本信息，則說(shuō)明安裝成功。

3.配置好相應(yīng)Perl module模塊

Config::General (v2.50 or later)

Font::TTF

GD

List::MoreUtils

Math::Bezier

Math::Round

Math::VecStat

Number::Format，再安裝 Statistics::Basic)

Params::Validate

Readonly

Regexp::Common

Set::IntSpan (v1.16 or later)

Text::Format

Statistics::Basic（要在已經(jīng)安裝好Number::Format的前提下安裝）

SVG

（1）配置方法：（以Config::General為例）

①在cmd中進(jìn)入Config::General文件夾。

在cmd中輸入：cd Config::General文件夾所在路徑（cd和路徑之間有空格）；回車。

②輸入perl Makefile.PL

③再輸入gmake

④再輸入gmake test

⑤再輸入gmake install

安裝完畢，接下來(lái)依次安裝好（除上文標(biāo)黃Params::Validate和Readonly以外的）剩余模塊。

（2）Params::Validate和Readonly配置方法：（以Params::Validate為例）

①在cmd中進(jìn)入Params::Validate文件夾。

在cmd中輸入：cd Params::Validate文件夾所在路徑（cd和路徑之間有空格）；回車。

②輸入perl Build.PL

③再輸入Build

④再輸入Build test

⑤再輸入Build install

依次安裝好Params::Validate和Readonly模塊。

4.使用circos的示例測(cè)試是否安裝成功

①在cmd中進(jìn)入circos下的example文件夾

在cmd中輸入：cd example文件夾所在路徑（cd和路徑之間有空格）；回車。

②輸入perl ..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf

（這一步運(yùn)行時(shí)間較長(zhǎng)，為正常現(xiàn)象，無(wú)需擔(dān)心哦~）

③如果在當(dāng)前路徑（example文件夾）下生成了如下circos.png及circos.svg文件則表示安裝成功。

關(guān)于cmd切換當(dāng)前路徑須知:

如果在同一個(gè)盤(pán)內(nèi)（如，從C盤(pán)a文件夾切換至C盤(pán)b文件夾），則輸入cd C:\b

（cd和C:\b之間有空格）

如果不在一個(gè)盤(pán)內(nèi)（如，從F盤(pán)a文件夾切換至C盤(pán)b文件夾），則輸入cd /d C:\b

（cd與/d之間、/d與C:\b之間有空格）

注意：安裝某些模塊時(shí)可能會(huì)出現(xiàn)skipped/系統(tǒng)找不到指定路徑等，不影響后續(xù)安裝則繼續(xù)操作，安裝好所有模塊后測(cè)試示例，能正常出圖即可；

如果無(wú)法正常出圖，檢查每次的操作、路徑是否正確等。

在后臺(tái)回復(fù)‘circos’，可獲取本次示例全部軟件包及模塊。