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雙硫死亡的第一篇生信分析文章已接收!疾病分型+預(yù)后模型思路,外加單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析,

2023-04-06 13:48 作者:爾云間  | 我要投稿

2023年2月份提出了雙硫死亡這一新型的細(xì)胞死亡類型:

“雙硫死亡”是什么?

在葡萄糖缺乏的SLC7A11-high癌細(xì)胞中,大量積累的二硫化物分子導(dǎo)致肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架蛋白之間的異常二硫化物鍵合,干擾其組織,最終導(dǎo)致肌動(dòng)蛋白網(wǎng)絡(luò)崩潰和細(xì)胞死亡。這種二硫化物應(yīng)激誘導(dǎo)的全新細(xì)胞死亡方式被命名為Disulfidptosis,雙硫死亡。

遵循鐵死亡、銅死亡的發(fā)展規(guī)律,新方向剛一爆出,第一波發(fā)文肯定是生信分析!

這不,還不到2個(gè)月的時(shí)間,第一篇“雙硫死亡”的生信分析文章已經(jīng)被接收了!

而且從投稿情況看,作者在雙硫死亡提出之后的1個(gè)月內(nèi),就完成了分析內(nèi)容和文章的撰寫,充分利用了生信分析“發(fā)文周期短”的優(yōu)勢,以最小投入搶發(fā)高分生信文章!

?

雖然目前還沒看到這篇文章的全文內(nèi)容,但是我們可以從摘要看一下大體分析內(nèi)容。

(1)?作者分析了4個(gè)雙硫死亡相關(guān)基因(DRGs)普通轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞數(shù)據(jù)中的表達(dá)和突變特征;

(2)?通過一致性聚類鑒定出2個(gè)DRGs聚類,分析兩個(gè)聚類中的差異表達(dá)基因(DEGs);

(3)?利用機(jī)器學(xué)習(xí)算法選擇DEGs構(gòu)建與雙硫死亡相關(guān)的預(yù)后模型(DRPS),計(jì)算風(fēng)險(xiǎn)評分。

(4)?分析高、低風(fēng)險(xiǎn)組在臨床特征、突變格局、免疫細(xì)胞浸潤和免疫治療療效預(yù)測方面的差異。構(gòu)建nomogram。利用腫瘤免疫功能障礙和排斥反應(yīng)(TIDE)和IMvigor 210隊(duì)列驗(yàn)證了DRPS是否預(yù)測患者對免疫治療的反應(yīng)。

總結(jié)分析思路屬于:基于熱點(diǎn)基因集進(jìn)行疾病分型+預(yù)后模型思路,同時(shí)加入了單細(xì)胞數(shù)據(jù)的分析。

小云之前給大家總結(jié)了雙硫死亡的8種生信分析切入思路,其中提到了類似的分析思路:

如果想要了解這篇“雙硫死亡”的生信內(nèi)容具體是如何分析的,可以參考下面這篇銅代謝的文章,分析內(nèi)容大體一致:

除了這個(gè)分析思路,雙硫死亡的生信還有很多其他的角度可以切入,感興趣可以點(diǎn)擊文末文章鏈接,回顧一下小云之前整理的雙硫死亡8種可做的思路,新熱點(diǎn)紅利期千萬不要錯(cuò)過,想第一波吃螃蟹的生信人抓緊上車?yán)玻。?/span>

小伙伴們可以根據(jù)自己的發(fā)文分?jǐn)?shù)、周期等等要求綜合評估,選擇合適的思路上車,想要周期短能快點(diǎn)發(fā)出來的,建議分析思路比較成熟的純生信思路;想要發(fā)比較高分的,建議選進(jìn)階版純生信(加入了創(chuàng)新的分析內(nèi)容)或干濕結(jié)合思路。不管用哪種思路,都要趁著新熱點(diǎn)的黃金搶發(fā)期,快快行動(dòng)起來!比的就是誰更快~


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