蛋白質(zhì)是基因表達的產(chǎn)物，但并不與基因一一對應。對于一個生物體來說，每個細胞都有著一套相同的基因，但是每個細胞中所含的蛋白質(zhì)卻不一定相同。蛋白質(zhì)的種類繁多、結(jié)構(gòu)復雜、生物活性也不盡相同，同一蛋白質(zhì)還可以存在不同的翻譯后修飾情況，因此蛋白質(zhì)的分析研究會比基因分析更困難和復雜。

蛋白分析可以是對整個細胞或組織的蛋白質(zhì)組進行分析，也可以是對特定蛋白或多個蛋白質(zhì)進行分析。蛋白分析包括分析蛋白質(zhì)的含量、純度、分子量、氨基酸組成、結(jié)構(gòu)、以及蛋白質(zhì)相互作用等。根據(jù)具體分析的對象和參數(shù)的不同，蛋白分析的方法也有所不同。