在選擇保護基時一般會按照的下列步驟來進行篩選。

①確定究竟是用片段縮合的方式還是逐個接長的方式來接長肽鏈。

如果是片段縮合的情況下,除去C末端肽段的末端羧基可以用與側(cè)鏈羧基相同的保護基保護或者不保護以外,其它要作為羧基組分片段的末端羧基,則應(yīng)根據(jù)將來在片段縮合時所用的活化方法的不同來適當?shù)剡x用保護基。

②確定所采用的保護方式究竟是最大保護方式還是中等或者最小的保護方式（側(cè)鏈功能團都盡可能用保護基保護起來,這叫做最大保護方式。如果只是對其中毫無例外必須保護:的氨基酸如Lys (也包括非蛋白質(zhì)的組成氨基酸Ormn)?和Cys (帶自由的SH基)以及Asp和Gla (后兩者有時也可以不保護)等的側(cè)鏈功能團進行保護,叫做最小保護。介乎兩者之間的叫做中等保護）。因為兩者對保護基要求的選擇性范圍是不同的,前者的要求要復(fù)雜一些,后者的要求則比較簡單。最后再從整個反應(yīng)過程的要求出發(fā)并根據(jù)各種保護成的穩(wěn)定性和選擇性之間的綜合考慮來設(shè)計和選擇保護基。由于用酸解反應(yīng)脫除保護基是最為常用的辦法，從而可以根據(jù)酸解的速度差別來選擇保護基。半永久性保護基是指對于某--脫除試劑來說是穩(wěn)定的，而暫時性保護基則是不穩(wěn)定的，可以脫去的。例如稀三氟醋酸(dTFA)?能夠脫去氨基保護基N-Bpoc 和N-Ddz,但這時N-Boc 是穩(wěn)定的。又如，0H-能脫去羧基的保護基OMe和OEt,但不能脫去N- Boc。

N-Boc和OBzl之間對OHT、H,/Pd (在普通溶劑或在液氨中催化氫化)是有選擇性的。

專肽生物關(guān)于保護基的使用已經(jīng)積累了不少寶貴的經(jīng)驗；但是要在多肽合成的工作中，選擇到合適的保護基來保護活性基團。尤其是對于大肽（即是長鏈肽）的合成來說,有時候也還是比較困難的。

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