Mfeprimer下載：https://github.com/quwubin/MFEprimer-3.0/releases

本人最近在篩選分子標記，然后發(fā)現(xiàn)合成了很多引物，但是多態(tài)性并不是很好，然后查閱了相關(guān)資料后發(fā)現(xiàn)一款軟件mfeprimer能對我們的引物進行自由組合并得到預選的擴增條帶，所以這里記錄一下。當然這也叫電子pcr了哈。

安裝教程官網(wǎng)也給出了：https://www.mfeprimer.com/mfeprimer-3.1/#2-command-line-version

就很簡單，下載

，解壓

然后給個權(quán)限

就可以了，然后我這里把這個軟件重命名為mfeprimer，然后我們使用的是引物的特異性檢測，使用的是mfeprimer里面的spec，輸入mfeprimer spec -h 就能查看到幫助文檔了。

在進行primer的篩選時，我們要先對我們的基因組文件或則fasta文件進行建立索引。

建立完索引之后呢我們需要將我們的引物轉(zhuǎn)換成fasta格式（如圖1）。然后我們就可以進行primer 篩選了。

primer 篩選命令如下

其中-i 是我們的引物fasta文件，-o是輸出文件，-d是我們建立的索引信息。然后結(jié)果文件就如圖2和圖3