質(zhì)譜技術有不同的數(shù)據(jù)采集模式：全掃描模式（Full Scan）、單離子監(jiān)測模式（Single Ion Monitor，SIM）以及選擇反應監(jiān)測模式（Selective Reaction Monitor，SRM）或稱多反應監(jiān)測模式（Multi Reaction Monitor，MRM），其工作的原理不同使其適用于不同的分析。

全掃描模式對設定范圍內(nèi)的所有碎片離子進行掃描，獲取其質(zhì)譜信息，更適用于對未知蛋白質(zhì)進行定性分析。對于蛋白質(zhì)定量分析則更傾向于用SIM或SRM/MRM，這三種模式選擇性的采集離子的質(zhì)譜信息，適用于單一或混合蛋白質(zhì)樣品的定量鑒定。SIM更是只采集單個離子信息，因此在這類分析模式下，噪音和干擾被排除得更多，質(zhì)譜分析的靈敏度和信噪比也更高，檢測的結果也更準確。

目前常用的基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)定量技術主要都是采用SRM/MRM掃描模式，主要包括Label Free、SILAC、iTRAQ、TMT、2D-DIGE熒光定量、DIA定量、SWATH定量等。其中Label Free是一種非標記蛋白定量技術，SILAC、iTRAQ、TMT是基于標簽的蛋白定量技術。這些蛋白定量技術都有各自的優(yōu)點和缺陷，在實際應用應根據(jù)實驗目的和需求選擇適宜的檢測方法。

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